En calidad de Superior General de los Padres Espiritanos, fue llamado por [[Juan XXIII]] para formar parte de la Comisión Central Preparatoria del [[Concilio Vaticano II]].
Durante el Concilio, fundó junto a [[Antonio de Castro-Mayer]], obispo de Campos ([[Brasil]]), [[Geraldo Proença Sigaud]], obispo de [[Diamantina]] (Brasil) y [[Carli]], obispo de [[Segni]] ([[Italia]]) el [[Cœtus Internationalis Patrum]], al que adhirieron 450 obispos, "con el objeto de defender en el aula conciliar la doctrina y disciplina tradicional de la Iglesia". Este Grupo de Trabajo criticó en especial los textos propuestos a la asamblea de los obispos sobre la [[libertad de culto]], juzgándolos no conformes a la tradición de la Iglesia. Sin embargo, tras largos debates, el texto de [http://www.vatican.va/archive/hist_councils/ii_vatican_council/documents/vat-ii_decl_19651207_dignitatis-humanae_sp.html ''Dignitatis Humanae''] fue adoptado por 2.308 votos a favor y 70 en contra.
Terminado el concilio el Lefevre abordó la cuestión del “aggiornamento” en las congregaciones de los espiritanos. En [[1968]], tras rechazar la modificación de la norma establecida por su fundador, el Padre François Libermann, renunció al cargo de superior general. Lefevre se asoció a la crítica tradicionalista al Concilio Vaticano II y a las reformas resultantes del “espíritu del concilio”. Criticó la libertad religiosa, el ecumenismo y la concepción de la colegialidad, así como la reforma general de la [[liturgia]], y muy especialmente el rito del nuevo [[Misal Romano]] publicado en [[1969]] por [[Pablo VI]] para substituir al rito [[Concilio de Trento|tridentino]], codificado por el Papa [[Pío V]] y que reglaba la celebración de la [[misa]] en [[latín]] con el sacerdote de espaldas a los fieles. Rechazó lo que consideraba una deriva de la Iglesia hacia el modernismo que favorece al Hombre, reivindicación de lo sostenido anteriormente por Papas anteriores y en particular por [[Pío X]] en la encíclica ''Pascendi''.
