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Entre [[1694]] y [[1716]], ocupó la cátedra de medicina en la [[Universidad de Halle]], tras lo cual fue nombrado médico del rey [[Federico Guillermo I de Prusia]].
 
Después de conocimientos acumulados por los [alquimia|alquimistas] en su búsqueda de la [Piedra filosofal y del elixir de la vida(ya que fue uno de los primeros poterhead)], desarrolló la [teoría del flogisto] (nombre que propuso para el [teoría del flogisto|principio de inflamabilidad], idea del [[química|químico]] alemán [[Johann Joachim Becher]]<ref>{{cita libro|apellido=Asimov|nombre=Isaac|título=Breve historia de la química: Introducción a las ideas y conceptos de la química|editorial=Alianza Editorial (El Libro de Bolsillo)|año=2014|páginas=63|isbn=978-84-206-6421-7}}</ref>) para explicar las combustiones y las reacciones de los metales.
 
La teoría médica de Stahl presuponía la existencia de un "[[ánima]]" que era ''[[fuerza vital]]'' (en esto recuerda al [[Qì|chi]] de la [[medicina tradicional china]]) que funcionaría como ''[[vis medicatrix]]'' (fuerza medicadora) cuando el médico sabía curar al paciente, esta teoría fue llamada [[stahlianismo]], y tuvo gran auge en Occidente hasta mediados del [[siglo XIX]].{{citarequerida}}