Es frecuente el uso conjunto de técnicas de [[esteganografía]] y [[criptografía]]. La combinación de estas dos herramientas mejora la seguridad de los datos a los que se aplica. La forma más habitual de combinación es aplicando en una primera etapa criptografía cifrando el texto plano. En una segunda etapa se aplica esteganografía para ocultar ese texto cifrado y así hacerlo irreconocible (por ejemplo metiendo el texto cifrado en una imagen usando técnicas esteganográficas). El receptor de la información, que sabe como se ha ocultado el mensaje, sólo tiene que recuperarlo y descifrarlo con el algoritmo de descifrado. De esta forma se consigue doble seguridad por un lado el mensaje es difícil de detectar y por otro lado aunque fuera detectado está protegido por técnicas criptográficas. Esta asociación entre esteganografía y criptografía es tan frecuente que las aplicaciones de la esteganografía se suelen clasificar en:
*'''Esteganografía pura''': Se aplica sólo esteganografía.
*'''Esteganografía de clave simétrica o secreta''': Se aplica esteganografía en combinación con [[criptografía simétrica|criptografía de clave simétrica]]
