Una vez allí pronto se vio atrapado por la complicada política del Oriente Próximo. Por un lado, entre los propios cristianos muchos veían en esta nueva cruzada un intento de extender el poder imperial. Se produjo por tanto en Tierra Santa una continuación de la lucha mantenida en [[Europa]] entre los defensores del Papado ([[güelfos]]), y los del [[Sacro Imperio Romano|Imperio]] ([[gibelinos]]).
Del otro lado, los musulmanes tenían sus propias luchas internas, por lo que el [[sultán]] [[al-Kamil]] firmó un tratado con Federico para unirse contra su enemigo al-Naser. A cambio, el emperador podría obtener varios territorios, entre ellos Jerusalén exceptuando la [[Cúpula de la Roca]], sagrada para el [[islam]], y una tregua de diez años. A pesar de la oposición del papa [[Gregorio IX]] a este acuerdo, Federico se coronó rey de Jerusalén, si bien legalmente actuaba como regente de su hijo [[Conrado IV de Alemania]], nieto de Juan de Brienne.
