Al igual que otras confesiones, la Iglesia de Escocia se enfrenta en la actualidad a muchas dificultades. Desde los años cincuenta, el número de miembros se ha reducido a la mitad, siendo ahora inferior al medio millón. Además, tieneTiene que hacer frente a problemas económicos,como y ha de mantener los antiguos edificios eclesiásticos. El problema de la escasez de pastores se ha visto solucionado en los últimos años con un aumento de las vocaciones. Así, a día de hoy hay 984 pastores en activo para 489.000 miembros agrupados en 1.179 congregaciones.
Según una encuesta nacional en 2011, 1,7 millones de personas se identifican como seguidores de la Iglesia de Escocia.<ref>{{Cita web|url = http://www.scotlandscensus.gov.uk/documents/censusresults/release2a/scotland/KS209SCb.pdf|título = Scotland's Census 2011|fechaacceso = 06.06.16|autor =|enlaceautor =|fecha = 2011|idioma = inglés|sitioweb = www.scotlandcensus.gov|editorial =}}</ref>
Asimismo, la Iglesia de Escocia sigue intentando atraer a los jóvenes, tratando de abordar sus problemas tanto desde las congregaciones como a nivel nacional. La solución a este problema se ha buscado en la presencia de representantes juveniles —provenientes de la Asamblea Juvenil, que va ganando en importancia y popularidad en los últimos años— en la Asamblea General.
