En [[2004]], fue cesado como Secretario de Estado tras ganar las elecciones el [[PSOE|partido socialista]], siendo nombrado [[caballero gran cruz de la Orden de Isabel la Católica]].<ref>[http://www.boe.es/boe/dias/2004/05/24/pdfs/A19364-19364.pdf Boletín Oficial del Estado 7 de mayo de 2004]</ref>
Desde entonces participaha participado en los [[consejos de administración]] de varias grandes empresas españolas. En [[2006]], fue elegido consejero no ejecutivo de Caja Madrid, por los impositores, a propuesta del [[Partido Popular]], y posteriormente fue nombrado vicepresidente no ejecutivo de la entidad.<ref>{{cita web |url=http://hemeroteca.abc.es/nav/Navigate.exe/hemeroteca/madrid/abc/2006/07/18/082.html |título=El PSOE pierde poder en Caja Madrid, que elige vicepresidente a Estanislao Rodríguez Ponga |fechaacceso=9 de noviembre de 2012 |apellido=Gómez |nombre=V |fecha=18 de julio de 2006 |obra=ABC |idioma= |cita= }} </ref> Es tesorero del Colegio de Economistas de Madrid y directivo de [[El Corte Inglés]]. Pertenece al consejo de administración de Testa y preside su comisión de auditoría.<ref>[http://www.europapress.es/economia/noticia-economia-empresas-estanislao-rodriguez-ponga-presidente-comision-auditoria-testa-sacyr-20130326130325.html Estanislao Rodríguez Ponga, presidente de la Comisión de Auditoría de Testa (Sacyr)]</ref>Es miembro del patronato de la Fundación Renal Íñigo Álvarez de Toledo, institución sin ánimo de lucro de asistencia médica.<ref>[http://www.rrhhpress.com/index.php?option=com_content&view=article&id=14237:estanislao-rodriguezponga-nuevo-patrono-de-la-fundacion-renal-inigo-alvarez-de-toledo&catid=88:nombramientos&Itemid=269 Estanislao Rodríguez–Ponga, nuevo patrono de la Fundación Renal Iñigo Álvarez de Toledo]</ref>
En febrero de 2005, el juez [[Baltasar Garzón]] de la [[Audiencia Nacional]] lo citó a declarar como imputado en relación a la compra del banco mexicano Probursa por parte del [[BBV]].<ref>{{cita web |url=http://economia.elpais.com/economia/2005/02/14/actualidad/1108369983_850215.html |título=Ybarra y Rodríguez-Ponga declararán el martes como imputados por la compra de Probursa |fechaacceso=9 de noviembre de 2012 |apellido= |nombre=|fecha=14 de febrero de 2005 |obra=El país |idioma= |cita= }} </ref><ref>{{cita web |url=http://hemeroteca.abc.es/nav/Navigate.exe/hemeroteca/madrid/abc/2005/02/15/084.html |título=Solbes resolvió en junio que no hubo fraude fiscal en la operación Probursa-BBVA |fechaacceso=9 de noviembre de 2012 |apellido=Gómez |nombre=Y |fecha=15 de febrero de 2005 |obra=Diario ABC |idioma= |cita= }} </ref>
