Diferencia entre revisiones de «Transcriptoma»
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El '''transcriptoma''' es el conjunto de todas las moléculas de [[Ácido ribonucleico|ARN]] (también llamadas ''transcritos'') presentes en una [[célula]] o grupo de células en un momento determinado<ref name=":0">{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19715439|título=Applications of new sequencing technologies for transcriptome analysis|apellidos=Morozova|nombre=Olena|apellidos2=Hirst|nombre2=Martin|fecha=2009|publicación=Annual Review of Genomics and Human Genetics|volumen=10|páginas=135–151|fechaacceso=2019-02-24|issn=1545-293X|doi=10.1146/annurev-genom-082908-145957|pmid=19715439|apellidos3=Marra|nombre3=Marco A.}}</ref>. El término transcriptoma engloba tanto al [[ARN mensajero]] ('''mRNA'''), que puede traducirse en una proteína, como al [[ARN no codificante]] ('''ncRNA'''). Sin embargo, en ocasiones el término se utiliza de manera laxa para referirse únicamente al ARN mensajero.
Desde la caracterización del [[genoma humano]], han surgido nuevas vías de investigación sobre el análisis global del material genético. Es evidente que no todo el genoma se transcribe y se traduce finalmente en [[proteínas]], lo que ha dado lugar a conceptos objeto de debate, como el de [[intrones|ADN basura]], que en realidad únicamente se caracteriza por el desconocimiento científico de muchas de sus funciones. Así pues, un reto consiste en estudiar qué porción del genoma es transcrito a [[ARN mensajero]], es decir, qué material genético es expresado en un tipo celular bajo unas condiciones dadas<ref>Mattei, J.-F. (2001/2002). ''El genoma humano'' (Ethical eye: the human genome). Sáez García, M. A.; Chao Crecente, M.; Vázquez, D. A., y Rodríguez-Roda Stuart, J., trad. Colección La Mirada de la Ciencia. Madrid: Council of Europe/Editorial Complutense. Glosario (p. 201). ISBN 84-7491-665-8</ref>. Así pues, el concepto de transcriptoma surge para representar todo este [[ARN mensajero|ARNm]] transcrito en ciertas circunstancias, de forma global. Cabe destacar que, aunque se habla del [[genoma humano]], este epíteto no tiene sentido para el transcriptoma humano, puesto que hay infinidad de transcriptomas en función del tipo tisular o las condiciones ambientales incluso para la misma especie.
== Técnicas empleadas en su análisis ==
La [[transcriptómica]] es el estudio del nivel de expresión de todos los genes transcritos en una célula o tejido; es decir, del número de moléculas de ARN transcritas para cada gen.
Recientemente, los microarreglos han sido sustituidos por técnicas basadas en la [[Secuenciación del ADN|secuenciación de ADN]] de nueva generación. La técnica más empleada en la actualidad es la '''secuenciación de ARN''' ('''RNA-seq''')<ref name=":1">{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18516045|título=Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq|apellidos=Mortazavi|nombre=Ali|apellidos2=Williams|nombre2=Brian A.|fecha=2008-7|publicación=Nature Methods|volumen=5|número=7|páginas=621–628|fechaacceso=2019-02-24|issn=1548-7105|doi=10.1038/nmeth.1226|pmid=18516045|apellidos3=McCue|nombre3=Kenneth|apellidos4=Schaeffer|nombre4=Lorian|apellidos5=Wold|nombre5=Barbara}}</ref><ref>{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18451266|título=The transcriptional landscape of the yeast genome defined by RNA sequencing|apellidos=Nagalakshmi|nombre=Ugrappa|apellidos2=Wang|nombre2=Zhong|fecha=2008-06-06|publicación=Science (New York, N.Y.)|volumen=320|número=5881|páginas=1344–1349|fechaacceso=2019-02-24|issn=1095-9203|doi=10.1126/science.1158441|pmc=PMC2951732|pmid=18451266|apellidos3=Waern|nombre3=Karl|apellidos4=Shou|nombre4=Chong|apellidos5=Raha|nombre5=Debasish|apellidos6=Gerstein|nombre6=Mark|apellidos7=Snyder|nombre7=Michael}}</ref>, la cual tiene la ventaja de detectar tanto genes conocidos como desconocidos, además de cuantificar su expresión directa y no indirectamente<ref name=":0" />. La secuenciación de ARN comienza con la conversión de todas las moléculas de ARN a [[ADN complementario]] (cDNA) mediante [[RT-PCR|PCR reversa]] (RT-PCR). El ADN complementario es entonces amplificado mediante [[Reacción en cadena de la polimerasa|PCR]] para formar una [[Genoteca|biblioteca de ADN]], la cual puede ser secuenciada<ref name=":1" />. El resultado final es una serie de secuencias que pueden ser [[Alineamiento de secuencias|alineadas]] al genoma o transcriptoma y después cuantificadas mediante métodos computacionales<ref>{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26813401|título=A survey of best practices for RNA-seq data analysis|apellidos=Conesa|nombre=Ana|apellidos2=Madrigal|nombre2=Pedro|fecha=2016-01-26|publicación=Genome Biology|volumen=17|páginas=13|fechaacceso=2019-02-24|issn=1474-760X|doi=10.1186/s13059-016-0881-8|pmc=PMC4728800|pmid=26813401|apellidos3=Tarazona|nombre3=Sonia|apellidos4=Gomez-Cabrero|nombre4=David|apellidos5=Cervera|nombre5=Alejandra|apellidos6=McPherson|nombre6=Andrew|apellidos7=Szcześniak|nombre7=Michał Wojciech|apellidos8=Gaffney|nombre8=Daniel J.|apellidos9=Elo|nombre9=Laura L.}}</ref>. Esto permite saber de qué gen proviene cada secuencia y cuántas secuencias le corresponden a cada gen. El numero de secuencias alineadas un gen determinado es proporcional al número de moléculas de ARN provenientes del mismo.
[[Archivo:Affymetrix-microarray.jpg|thumb|[[Chip de ADN]] empleado para detectar expresión de genes de humano (izq.) y de ratón (der.)]]
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