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Los [[mexicas]] o [[aztecas]] lo conocían como ''xīctomatl'', fruto con ombligo. Los aztecas y otros pueblos de [[Mesoamérica]] utilizaban la fruta en su cocina. La fecha exacta de la domesticación es desconocida: se estima en 500 años antes de Cristo ya estaba siendo cultivada en el sur de [[México]]<ref>[http://www.tomato-cages.com/tomato-history.html ''Tomato History'' (8-5-2008)]. Consultado el 12 de septiembre de 2015.</ref><ref name="Esquinas-Alcazar">{{cita libro|autor=Esquinas-Alcazar, José; Nuez Viñals, F. |capítulo=Situación taxonómica, domesticación y difusión del tomate |título=El cultivo del tomate |año=1995 |editor=Nuez, Fernando |ubicación=Madrid |editorial=Ediciones Mundi-Prensa |páginas=13-42 |isbn=84-7114-549-9}}</ref> y probablemente otras áreas de Mesoamérica.
 
Existen evidencias arqueológicas que demuestran que el tomate verde (''[[Physalis ixocarpa]]''), una especie que produce una fruta ácida y de color verde que se consume todavía en [[México]], fue usadausado como alimento desde épocas prehispánicas. Esto hace pensar que el tomate también fue cultivado y usado por los pueblos originarios [[Mesoamérica|mesoamericanos]] desde antes de la llegada de los españoles. Es posible que después de la llegada de los españoles el tomate se cultivara y consumiera más que el tomate verde por su apariencia colorida y su mayor tiempo de vida después de ser cosechado.<ref>Botanical Garden of Cordoba (Spain), ''Neglected crops: 1492 from a different perspective'', (FAO Plant Production and Protection Series, no.26). ISBN 92-5-103217-3</ref>
 
Los [[Pueblo maya|mayas]] y otros pueblos de la región lo utilizaron para su consumo, y se cultivaba en México meridional, y probablemente en otras áreas hacia el siglo XVI. Dentro de las creencias del pueblo, quienes presenciaban la ingestión de semillas de tomate eran bendecidos con poderes adivinatorios. El tomate grande y grumoso, una mutación de una fruta más lisa y más pequeña, fue originado y alentado en la Mesoamérica. Smith indica que este es el antepasado directo de algunos tomates modernos cultivados.
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[[Archivo:Colorful Red and Yellow Tomatoes 2816px.jpg|thumb|Los tomates amarillos fueron los primeros en cultivarse en Europa, más tarde, los de color rojo se hicieron más populares.]]
 
El conquistador [[España|español]] [[Hernán Cortés]] pudo haber sido el primero en transferir el tomate pequeño amarillo a [[Europa]]<ref>[http://www.vivelohoy.com/opinion/8460442/los-regalos-de-mexico-a-europa «Los regalos de México a Europa.» 25 de agosto de 2015.] ''Hoy''. Consultado el 22 de junio de 2015.</ref> después de haber capturado la ciudad azteca de [[Tenochtitlán]], hoy [[Ciudad de México]], en 1521. La primera discusión del tomate en la literatura europea apareció en una base de hierbas escrita en 1544 por [[Pietro Andrea Mattioli]], un médico y botánico italiano, quien sugirió que un nuevo tipo de berenjena se había señalado a [[Italia]], que era de color rojo sangre o color dorado cuando está maduro y puede ser dividida en segmentos y se come como una berenjena, es decir, cocinado y condimentado con sal, pimienta negra y aceite. Sin embargo, no fue hasta diez años después quecuando los tomates fueron nombrados en la impresión por Mattioli como ''pomi d'oro'', o «manzana de oro».
 
De acuerdo con algunas referencias, los primeros tomates que se cultivaron en [[Italia]] eran de color amarillo y en [[1554]] fueron descritos por el [[Botánica|botánico]] [[italia]]no Piero Andrea Mattioli como ''pomo d'oro'' («[[manzana]] dorada»); de aquí el nombre de ''pomodoro''.<ref name="TOMATO,