Fundó y fue director del [[Gabinete Científico de Santa Cruz de Tenerife]] y junto con otros miembros destacados del mismo como [[Rosendo García-Ramos y Bretillard]] y [[Carlos Pizarroso y Belmonte]] realizó muy importantes aportaciones al estudio del mundo indígena canario.<ref>{{cita libro|autor=Farrujia de la Rosa, A. José|año=2011 |título=En busca del pasado guanche: historia de la arqueología en Canarias(1868/1968)|ubicación=Santa Cruz de Tenerife |editorial=Ediciones Ka}}</ref> Más tarde este gabinete formó una sección del Museo Arqueológico Municipal de Santa Cruz de Tenerife. Además, realizó una serie de encuestas en canarias sobre las tradiciones y costumbres de las islas, publicando también varios trabajos con información totalmente nueva en diferentes medios como la ''Revista de Canarias'', que iniciaron los estudios sobre la población aborigen canaria, a pesar de que dichos trabajos son, actualmente, criticados por los historiadores canarios.<ref name="Real Academia Canaria"/>
Fue uno de los que primeros investigadores que estudiaron los ídolos guanches, sobre todo el célebre idolillo llamado [[Guatimac]] en el año [[1885]], encontrado en el barranco de Herques en el municipio de [[Fasnia]] y actualmente expuesto en el [[Museo Arqueológico del Puerto de la Cruz]]. Él fue una de las personas que, junto a los historiadores Eduardo Tarquis y Antonio Domínguez Alfonso, demandaron una restitución de la [[Real Academia Canaria de Bellas Artes de San Miguel Arcángel|Real Academia de Bellas Artes]] que había ejecutado la Corona española en el año 1913. La demanda tuvo éxito y la restitución fue lograda. Sus méritos y su importancia dentro del estudio de las antiguas poblaciones canarias lo incorporaron en el grupo de numerarios de la Academia, convirtiéndose así, el 6 de agosto de 1913, en el primer miembro de la sección de Arquitectura. Sin embargo, por esos tiempos se encontraba muy enfermo, por lo que no pudo acudir a la junta constituyente de la corporación, muriendo en diciembre de ese año (1913), concretamente tres meses después, sin haber podido unirse a la Real Academia de Bellas Artes.<ref name="Real Academia Canaria"/> Fue enterrado en el [[cementerio de San Rafael y San Roque]].<ref>{{cita publicación|apellidos1=Rodríguez Delgado|nombre1=Octavio|nombre-editor1=Ayto. de San Miguel de Abona|título=Juan Bethencourt Alfonso (1847-1913): ilustre médico, profesor, antropólogo y periodista|publicación=La Tajea|fecha=2013|volumen=39|url=http://www.sanmigueldeabona.es/index.php?option=com_k2&view=item&id=1580:la-tajea-39&Itemid=120|fechaacceso=25 de marzo de 2016|ubicación=San Miguel de Abona}}</ref>
