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Plagado de problemas de salud durante toda su vida, viviendo en un país lejos de su hogar y obsesivamente involucrado con sus matemáticas, la salud de Ramanujan empeoró en Inglaterra, tal vez exacerbada por el estrés y por la escasez de su dieta vegetariana durante la Primera Guerra Mundial. Fue diagnosticado de [[tuberculosis]] y de una deficiencia vitamínica grave, y fue internado en un sanatorio.
 
Ramanujan volvió a Kumbakonam en 1919 y murió poco después a la edad de 32 años, en 1920. Su viuda, S. Janaki Ammal, se trasladó a Bombay, pero volvió a Chennai (antes Madrás) en 1950, donde vivió hasta su muerte a los 95 años, en 19941984.<ref name="Janaki"/>
 
Un análisis de la historia clínica de Ramanujan y sus síntomas elaborado en 1994 por el doctor D.A.B Young llegó a la conclusión de que era mucho más probable que tuviese [[amebiasis]] hepática, una infección parasitaria del hígado generalizada en Madrás, donde Ramanujan había pasado gran parte de su vida. Tuvo dos episodios de [[disentería]] antes de abandonar la India. Cuando no se trata adecuadamente, la disentería puede permanecer latente por años y dar lugar a la amebiasis hepática,<ref name="lostnotebook">{{Cita web|título=Raiders of the Lost Notebook|url=http://www.las.illinois.edu/alumni/magazine/articles/2006/lostnotebook/|fechaacceso=11 de enero de 2014|editorial=[[UIUC College of Liberal Arts and Sciences]]|apellido=Peterson|nombre=Doug}}</ref> una enfermedad difícil de diagnosticar, pero fácilmente curable una vez que se diagnostica.