[[Archivo:Blastocisto (Estructura).jpg|miniaturadeimagen|358x358px|Estructura de un [[Blastocito|Blastocisto]].]]
No pueden formar un organismo completo, pero sí cualquier otro tipo de célula correspondiente a los tres linajes embrionarios ([[endodermo]], [[ectodermo]] y [[mesodermo]]). Pueden, por lo tanto, formar linajes celulares. Se encuentran en distintas etapas del [[desarrollo embrionario]]. Las células madre pluripotentes más estudiadas son las '''rweqweqwewewqeqwe qwcélulascélulas madre embrionarias''' (en inglés ''embryonic stem cells'' o ''ES cells'') que se pueden aislar de la masa celular interna del [[blastocisto]].<ref>{{Cita publicación|autores=Ulloa-Montoya F, Verfaillie CM, Hu WS|año=2005|título=Culture systems for pluripotent stem cells|volumen=100|doi=10.1263/jbb.100.12|pmid=16233846|páginas=12–27|número=1|publicación=J Biosci Bioeng}}</ref> El blastocisto está formado por una capa externa denominada trofoblasto, formada por unas 70 células, y una masa celular interna constituida por unas 30 células que son las células madre embrionarias que tienen la capacidad de diferenciarse en todos los tipos celulares que aparecen en el organismo adulto, dando lugar a los tejidos y órganos. En la actualidad se utilizan como modelo para estudiar el desarrollo embrionario y para entender cuáles son los mecanismos y las señales que permiten a una célula pluripotente llegar a formar cualquier célula plenamente diferenciada del organismo.<ref>{{cita publicación|autor= Shenghui, H.E., Nakada, D., & Morrison, S.J.|fecha=2009|título= Mechanisms of stem cell self-renewal| publicación= Annual Review of Cell and Developmental|volumen= 25|página= 377-406}}</ref>
