La institución se gobierna mediante una Junta de Caballeros, y no ha dejado de atender a un máximo de doce ancianos enfermos sin recursos a los que atendieron las monjas Siervas de María hasta 2006. Actualmente es una Residencia de Mayores con una capacidad de 23 residentes. El escaso número de camas que tenía anteriormente hace que se le conozca incluso hoy en día de forma coloquial como 'el hospitalillo'.
El edificio es una típica construcción mudéjar con patio de dos alturas y galería en planta principal soportada por pies derechos de madera.
El edificio es una típica casona castellana con patio de dos alturas con balcón soportado por pilares. La iglesia del hospital, está consagrada a Nuestra Señora de la Misericordia, siendo el templo [[barroco]], con [[bóveda de cañón]] y una cúpula encamonada que se sobrepusieron sobre un artesonado [[mudéjar]].<ref>{{Cita web |url=http://dspace.uah.es/dspace/bitstream/handle/10017/21403/09%20%20H-Antezana%20XCIA%20Castellon%202013.pdf?sequence=1 |título=Undurraga R, Conde JF, Agua F, Barluenga G, Villegas MA, García-Heras M. El hospital de Antezana (Alcalá de Henares, Madrid): estudio arqueométrico y análisis arquitectónico de ladrillos y morteros. En: X Congreso Ibérico de Arqueometría: 2013, Museo de Bellas Artes de Castellón. Valencia: Subdirección de Conservación, Restauración e Investigación IVC+R de CulturArts Generalitat; 2014. p.142-55. |fechaacceso=10 de mayo de 2017 |urlarchivo=https://web.archive.org/web/20170812103448/http://dspace.uah.es/dspace/bitstream/handle/10017/21403/09%20%20H-Antezana%20XCIA%20Castellon%202013.pdf?sequence=1 |fechaarchivo=12 de agosto de 2017 }}</ref> En 2015 finalizó la última restauración del edificio según proyecto y dirección de obra del arquitecto Javier Huerta, obteniendo el premio Ciudad de Alcalá por la intervención llevada a cabo. <ref>[http://lalunadealcala.com/asi-ha-quedado-el-hospitalillo-tras-anos-de-rehabilitacion/ Así ha quedado el ‘Hospitalillo’ tras años de rehabilitación. La Luna de Alcalá. 04/07/2016.]</ref><ref>[http://www.lavanguardia.com/ocio/viajes/20160718/403302619150/reabre-a-las-visitas-en-alcala-de-henares-el-hospital-mas-antiguo-de-europa.html Manjón A. Reabre a las visitas en Alcalá de Henares el hospital más antiguo de Europa. La Vanguardia. 18/07/2016.]</ref>
Posee una imagen de notable valor artístico perteneciente al taller de [[Martínez Montañés]] y propia del barroco sevillano del siglo XVII, y un retablo dedicado a San Ignacio con pintura de [[Diego González de la Vega]].
