La misión de la cadena transportadora de electrones es la de crear un [[gradiente electroquímico]] que se utiliza para la síntesis de ATP.<ref>{{Cita libro|apellidos=Iglesias|nombre=Vanesa Álvarez|título=Estudio multidisciplinar de la variabilidad del ADN mitocondrial en poblaciones humanas.|url=https://books.google.es/books?id=wdqlIslzHKMC&pg=PA7&dq=cadena+transportadora+de+electrones+crear++gradiente+electroqu%C3%ADmico&hl=es&sa=X&ved=0ahUKEwjm8oahgcnZAhVC7xQKHYU8CU4Q6AEIJzAA#v=onepage&q=cadena%20transportadora%20de%20electrones%20crear%20%20gradiente%20electroqu%C3%ADmico&f=false|fechaacceso=28 de febrero de 2018|editorial=Univ Santiago de Compostela|idioma=es}}</ref> Dicho gradiente electroquímico se consigue mediante el flujo de electrones entre diversas sustancias de esta cadena que favorecen en último caso la translocación de protones que generan el gradiente anteriormente mencionado. De esta forma podemos deducir la existencia de tres procesos totalmente dependientes:
* un flujo de electrones desde sustancias individuales;
* un uso de la energía desprendida de ese flujo de electrones que se utiliza para la translocación de protones en contra de gradiente, por lo que energéticamente estamos hablando de un proceso desfavorable;
* un uso de ese gradiente electroquímico para la formación de ATP mediante un proceso favorable desde un punto de vista energético.
