Fundado en 1147 por la hermana del emperador [[Alfonso VII de León|Alfonso VII de León]], la infanta-reina [[Sancha Raimúndez]], quien recibió de [[Luis VII de Francia]] en París una espina de la [[corona de espinas]] de [[Jesucristo|Cristo]] que custodiaban los reyes de Francia. A su vuelta, donó sus heredades en San Pedro y Santa María de Aborridos para la fundación de un monasterio que albergara la reliquia, encomendado a la [[Orden del Císter]]. Los primeros monjes llegaron ese mismo año procedentes de la [[Abadía de Claraval]] enviados por [[Bernardo de Claraval|San Bernardo de Claraval]].{{Harvnp|Rodríguez de Diego|1982|pp=47-48}} Alfonso VII, estando en [[Zamora]], confirmó esta donación dos años después, el 6 de abril de 1149.{{Harvnp|Rodríguez de Diego|1982|p=55}}
El 28 de septiembre de 1559 tuvo lugar cerca del Monasterio de Santa María de La Santa Espina el encuentro entre [[Felipe II de España|Felipe II]] y [[Juan de Austria]].