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[[Archivo: Darwin's_tree_of_life.jpg|500px|thumb|right|Diagrama dibujado por [[Charles Darwin]] en ''[[El origen de las especies]]''.]]
Un '''árbol filogenético''' es un [[árbol (teoría de grafos)|esquema arborescente]] que muestra las relaciones [[evolución|evolutivas]] entre varias [[especies]] u otras entidades que se cree que tienen una ascendencia común.
== Árboles filogenéticos en biología ==
A diferencia de los árboles genealógicos, en los que se utiliza información proporcionada por los familiares, para los árboles filogenéticos se usa información proveniente de [[fósil]]es y de la comparación anatómica, fisiológica y molecular de los organismos actuales.
Tanto los árboles genealógicos como los filogenéticos tienen un tronco y ramas, pero en los últimos se muestran las relaciones entre especies y no entre individuos.
Los árboles filogenéticos se construyen tomando en cuenta la [[evolución biológica]], basándose en la [[Evidencia de antepasado común|evidencia de que todos los organismos son descendientes de un ancestro común]]. Así, todos los organismos, ya sean vivos o extintos, se encuentran emparentados en algún grado. En ocasiones se denomina «[[árbol de la vida]]» al árbol filogenético que engloba a todos los seres vivos, pasados y presentes.
=== Tipos de árboles filogenéticos ===
[[Archivo:Phylogenetic tree.svg|thumb|350px|Fig. 1: Árbol filogenético enraizado para genes rRNA.]]
[[Archivo:PhylogeneticTree horizontal transfers svg.svg|thumb|350px|Fig. 2: Otra representación del árbol filogenético incluyendo las transferencias horizontales]]
[[Archivo:MyosinUnrootedTree.jpg|thumb|350px|Fig. 3: Árbol sin raíz de la familia Miosina<ref>Hodge, T. & M. J. T. V. Cope. 2000. A Myosin Family Tree. ''Journal of Cell Science'' '''113''': 3353-3354.</ref>]]
Un árbol filogenético '''enraizado''' es un árbol directo, con un único nódulo que corresponde al [[ancestro común]] más reciente de todas las entidades de las hojas del árbol. La Figura 1 muestra un árbol filogenético enraizado coloreado de acuerdo con el "sistema de tres dominios". Los árboles genéticos '''sin raíz''' ilustran la relación de los nódulos de las hojas sin hacer asunciones sobre ascendencia. Mientras que los árboles sin raíz siempre pueden ser generados a partir de árboles enraizados omitiendo la raíz, una raíz no puede ser inferida a partir de un árbol sin raíz sin algunos medios para identificar la ascendencia. Esto suele hacerse incluyendo un grupo externo en los datos entrantes o introduciendo asunciones adicionales sobre las tasas relativas de evolución en cada rama, como una aplicación de la hipótesis del [[reloj molecular]]. La Figura 2 muestra un árbol filogenético sin raíz<ref>Maher, B. A. 2002. Uprooting the Tree of Life. ''The Scientist'' '''16''': 18 (Sep. 16, 2002); [http://www.the-scientist.com/yr2002/sep/research1_020916.html subscription only]</ref> para la [[miosina]], una familia genética de [[proteína]]s.
* Un [[dendrograma]] es un término genérico para la representación diagrámatica de un árbol filogenético.
* Un [[cladograma]] es un árbol formado usando métodos [[Cladística|cladísticos]]. Este tipo de árbol sólo representa un patrón de ramificación, es decir, que la longitud de sus ramas no representan el tiempo.
* Un [[filograma]] es un árbol filogenético que representa explícitamente un número de cambios de rasgos de carácter a lo largo de la longitud de sus ramas; es el resultado de la aplicación de los principios de la [[sistemática evolutiva]].
* Un [[fenograma]] es un dendrograma no enraizado en que se establecen las relaciones de parentesco fenético de los organismos estudiados; surgen de la aplicación de los métodos de la [[fenética|taxonomía numérica]].
* Un [[cronograma]] es un árbol filogenético que representa explícitamente el tiempo evolutivo proporcionalmente a la longitud de sus ramas.
=== Cladística y caracteres ===
{{AP|Cladística}}
La mejora de los métodos computacionales para el tratamiento de la información ha introducido un número interesante de algorítmicos cladísticos para la clasificación mediante árboles filogenéticos. Muchos de esos árboles consideran un conjunto de especies representadas por un conjunto de caracteres. Un carácter es cualquier característica bien definida de la especie que permita dividir el conjunto de especies en grupos, según el valor que toma el carácter para cada especie. Así un subconjunto de las especies formará un grupo respecto a dicho carácter si comparten una misma forma o valor de dicho carácter.
Cada carácter permite construir un árbol filogenético cladístico que satisface ciertas propiedades razonables. Los algoritmos usuales pueden construir para un conjunto de especies numerosos árboles filogenéticos, y extraer de entre ellos alguno que sea óptimo en algún sentido. Si las condiciones de optimidad están bien escogidas esos algoritmos permiten encontrar el verdadero árbol filogenético para un grupo de especies relacionables.
== Árbol filogenético en lingüística ==
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