No se debe confundir este animal con otro euplérido, cuyo nombre científico (''[[Fossa fossana]]'') puede llevar a equívocos.
El fosa fue formalmente descrito en 1833 por [[Edward Turner Bennett]]. El nombre del [[género (biología)|género]] ''Cryptoprocta'' hace referencia a cómo la bolsa anal esconde el [[ano]] del animal, de las palabras en griego antiguo ''crypto-'' "esconder" y ''procta'' "ano".;<ref name="1986Köhncke">{{cita publicación | apellido1= Köhncke | nombre1= M. | apellido2= Leonhardt | nombre2= K. | título = Cryptoprocta ferox | publicación = Mammalian Species | número = 254 | páginas = 1–5 | año = 1986 | url = http://www.science.smith.edu/departments/Biology/VHAYSSEN/msi/pdf/i0076-3519-254-01-0001.pdf | formato = PDF | fechaacceso = 19 de mayo de 2010}}</ref> el nombre de la especie ''ferox'' proviene del latín "feroz" o "salvaje".<ref>{{cita libro |autor=Borror, D.J. |año=1960 |título=Dictionary of Word Roots and Combining Forms |editorial=Mayfield Publishing Company |isbn=978-0-87484-053-7 |página=[https://archive.org/details/dictionaryofword00mayf/page/39 39] |url=https://archive.org/details/dictionaryofword00mayf/page/39 }}</ref> Su nombre común en [[idioma malgache|malgache]], es ''fossa'' o ''fosa''.".<ref name="1986Köhncke"/> El nombre común es el mismo que el nombre genérico de la [[Fossa fossana|civeta de Madagascar]] (''Fossa fossana''), pero son especies diferentes. A causa de ciertas características compartidas con [[civeta]]s, [[mangosta]]s y gatos ([[Felidae]]), su clasificación biológica fue durante un largo tiempo objeto de controversia. Bennett originalmente colocó al fosa como un tipo de [[civeta]] en la familia [[Viverridae]], una clasificación que se hizo popular entre los taxónomos. Su caja craneana compacta, grandes órbitas oculares, garras retráctiles y dientes de carnívoro especializados han inducido a algunos taxónomos a asociarlo con los felinos. En 1939, [[William King Gregory]] y Milo Hellman colocaron al fosa en su propia [[subfamilia]] dentro de Felidae, Cryptoproctinae. [[George Gaylord Simpson]] lo volvió a asignar a [[Viverridae]] en [[1945]], aún dentro de su propia subfamilia, aunque reconociendo que posee numerosas características que lo asemejan a un gato.
