Mtsensk es mencionada por primera vez en la [[Crónica de Níkon]] ([[:en:Nikon Chronicle]]), de; [[1147]]), bajo el nombre de Mtchensk (Мьченск), cuando dependía del [[principado de Chernígov]]. En [[1320]], fue anexionada por el [[Gran Ducado de Lituania]]. Se convirtió en una fortaleza así como en un centro de artesanía y comercio. A principios del [[siglo XVI]], pasó a la dominación de [[Moscovia]]. La fortaleza de Mtsensk, una de las más grandes del sur de Rusia, perdió importancia militar durante la segunda mitad del [[siglo XVII]]. Mtsensk consiguió el estatus de [[Tipos de localidades habitadas en Rusia|ciudad]] en [[1778]]. Se convirtió entonces en un centro del comercio de grano, y, ya en el [[siglo XIX]], llegaron las primera industrias, predominantemente textiles.
En la [[Segunda Guerra Mundial]] se dieron combates en las inmediaciones de la ciudad, que fue tomada por las tropas [[Alemania Nazi|alemanas]] en varias ocasiones.
