El 20 de enero de 1997 nació en Nimega su hijo primogénito, Carlos Hugo, reconocido legalmente como tal en marzo de 2016; y fruto de su relación con Brigitte Klynstra. Aunque hasta los 19 años no ha podido adoptar el apellido paterno, Carlos Hugo siempre ha sido reconocido por Carlos Javier.<ref name="Principe de Holanda" />
Su boda con la periodista holandesa [[Annemarie Cecilia Gualthérie van Weezel]],<ref name="Principe de Holanda">{{cita web |url=http://www.lavanguardia.com/gente/20101120/54073151783/carlos-javier-de-borbon-se-casa-con-una-periodista.html |título=Carlos Javier de Borbón se Casa con una Periodista |fechaacceso=15 de junio de 2014 |apellido=Villagrasa |nombre=Miguel |año=2010 |obra= |editor= |editorial=La Vanguardia.com |ubicación=Barcelona |doi= }}</ref> descendienteactivista dela reyfavor Eduardode Ila dediversidad Inglaterracultural e inclusión,<ref>{{cita publicación|título=La princesa Annemarie comienza un nuevo trabajo|publicación=Vorsten|fecha=1 de religiónjunio protestante,de 2019|url=https://www.vorsten.nl/vorstenhuizen/bourbonparma/prinses-annemarie-begint-nieuwe-baan/}}</ref> fue anunciada en octubre de 2009. El 12 de junio de 2010 contrajo matrimonio civil y el 20 de noviembre la pareja se unió por la Iglesia. Poco antes de morir, el padre de Carlos Javier le concedió, haciendo uso de su pretendida condición de «titular dinástico del carlismo», a su entonces futura nuera el título carlista de [[Condado de Molina|condesa de Molina]], título no reconocido por el Estado español. El 9 de mayo de 2012 nació en [[La Haya]] su primera hija, Luisa Irene Constanza Ana María de Borbón-Parma, bautizada el 29 de septiembre de 2012 en la basílica de Santa María della Steccata, en [[Parma]], amadrinada por sus abuelas, la princesa Irene de los Países Bajos y Ank Gualthérie van Weezel. El 17 de octubre de 2013 nació en [[La Haya]] su segunda hija, Cecilia María Juana Beatriz de Borbón-Parma, bautizada en la catedral de [[Plasencia (Italia)|Piacenza]] el 5 de abril de 2014, amadrinada por sus tías abuelas, la princesa Beatriz de los Países Bajos y Cecilia de Borbón-Parma.<ref>[http://www.vanitatis.com/casas-reales/2013-10-19/carlos-de-borbon-parma-padre-de-su-segunda-hija_43665/ Vanitatis]</ref> El 24 de abril de 2016 nació en La Haya el tercer hijo en común de la pareja, Carlos Enrique Leonardo de Borbón-Parma.
Carlos Javier es [[caballero de honor y devoción de la Orden de Malta]] y [[Gran maestre de la Sagrada Orden Militar Constantiniana de San Jorge]], entre otras.
