Su gobierno fue sometido a constantes revueltas y movimientos separatistas de los [[muladí]]es y [[mozárabe]]s.
un arabe dueño de la plaza detras de la almudena.
Los [[Banu Qasi]], aliados de los [[Lista de monarcas de Navarra #Dinastía Arista-Íñiga|Arista]] de [[Navarra]] con [[Musa ibn Musa]] a la cabeza, se rebelaron contra Córdoba y afirmaron su independencia. Pero en 860 Mohamed invadió la región de Navarra arruinando y devastando todo el territorio, haciéndose dueño de varios castillos, entre ellos el de Falah'san ([[Falces]]). Así consiguió devolver durante un tiempo a la sumisión a los Banu Qasi.
En 852 se sublevaron los Banu Qasi de Zaragoza. Toledo también se rebeló con el apoyo de [[Ordoño I de Asturias]] y Navarra, pero fueron derrotados en la [[batalla de Guadalacete]]. Los toledanos volvieron a sublevarse en 871. Tras la victoria en esta batalla, Mohamed ordenó levantar una serie de fortalezas en el territorio fronterizo conocido como Marca Media. Entre ellas, la de Maŷrit o Magerit, embrión de la futura ciudad de [[Madrid]].
En el 880, [[Ómar ben Hafsún]] inició una sublevación que no fue sofocada hasta el 928, ya en tiempos de [[Abderramán III]]. Junto con la de al-Ŷilliqi en la [[Marca Inferior]], parece que se debió a la reducción de las prebendas que los dos recibían como clientes del emir, reducción debida al menos en parte a los menores ingresos del Tesoro estatal a raíz de la conversión al islam de parte de la población, lo que redujo los impuestos que pagaba.{{Harvnp|Fierro|2011|p=79}} Desde su reinado hasta su sometimiento por Abderramán III, los territorios de Zaragoza, Toledo y Badajoz, todos ellos fronterizos, permanecieron fundamentalmente independientes de la autoridad del emir cordobés.{{Harvnp|Fierro|2011|p=43}}
Se casó con la [[Vascones|vascona]] Ushar, madre de Abdalá I. Le sucedió su hijo [[Al-Múndir de Córdoba|al-Múndir]]. Fue también su hijo [[Abdalá I de Córdoba|Abdalá I]].