Logró la primera victoria de los independentistas frente a los realistas de [[Miguel Tacón]] el 28 de marzo de [[1811]], en la denominada [[batalla del Bajo Palacé]]. Luego de su entrada triunfal en [[Santafé]] fue ascendido al grado de brigadier del Ejército.
El presidente [[Antonio Nariño]] le encomendó el sometimiento de los federalistas del Congreso de las Provincias Unidas, donde cambió de bando, uniéndose a la causa federalista junto con [[Francisco de Paula Santander]].<ref name="Samper"/> Es [[1812]] tomó como base de operaciones a [[Tunja]], <refpropinó name="Samper"/>a Nariño las derrotas en [[Charalá]] y [[Paloblanco]], y su ejército, dirigido por el brigadier [[Joaquín Ricaurte]] venció a los centralistas en [[Ventaquemada]] el 2 de diciembre de ese año,. pero<ref name="Samper"/> Sin embargo, fue derrotado el 9 de enero de [[1813]] en [[Santafé]] de Bogotá por Antonio Nariño y sus tropas.{{citaen web}}:[[Sna Victorino]], desviando a parte de las tropas invasoras hacia [[Monserrate]].<ref name="Samper">{{cita web |url=http://www.revistacredencial.com/credencial/content/un-triste-aniversario-200-os-de-la-primera-guerra-colombiana |título=Un triste aniversario: 200 años de la primera guerra colombiana |fechaacceso=febrero de 2012 |autor= |apellido= Samper |nombre= Daniel|fecha=10 de enero de 2012 |editorial= |Revistacredencial.com}}</ref> Después de su nombramiento como comandante general de las Provincias Unidas de [[Tunja]], hubo la etapa de la [[Reconquista (Colombia)|Reconquista]] por parte de las tropas españolas y en dicha situación, Antonio Baraya emprendió la huida al sur del país ante la persecución de las tropas realistas, aunque finalmente fue apresado por los hombres de [[Pablo Morillo]], y posteriormente fusilado en la [[plaza de Bolívar|plaza Mayor de Santa Fe]].
