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Sin embargo, la biología no parece indicar que las migraciones humanas hayan estado siempre acompañadas de difusiones culturales. Un estudio<ref>"A predominantly indigenous paternal heritage for the Austronesian-speaking peoples of insular Southeast Asia and Oceania" in ''American Journal of Human Genetics'', 68, 2001</ref> sobre la variación del [[cromosoma Y]], llevado a cabo por un grupo de especialistas norteamericanos, italianos, británicos y taiwaneses, llega a la conclusión de que existe una herencia paterna en la mayoría de los habitantes de Indonesia y Ocenía proveniente de poblaciones establecidas en dichas regiones desde el [[Pleistoceno]] (es decir, hace más de 10.000 años, y por tanto anteriores a las migraciones austronesias). Según este estudio, los habitantes de Oceanía habrían adoptado junto a las técnicas del [[Neolítico]], la lengua y las técnicas de poblaciones originarias de las Filipinas sin que ello supusiese el establecimiento de estas poblaciones en Oceanía. En cambio, en Indonesia, sin duda menos densamente poblada en el Neolítico, sí se habrían establecido poblaciones procedentes del norte (Filipinas y Taiwán).
Varios investigadores coinciden en que hubo una implantación más tardía de pueblos austronesios en la costa este de África. Desde el siglo IV a. C, mercaderes procedentes de islas de la actual Indonesia, en particular las islas de [[Java (isla)|Java]], [[Sumatra |Sumatra]] y [[Borneo]] alcanzaron [[Adén]] tras pasar por la India, y bajaron por la costa este de África hasta [[Madagascar]] y las [[Comoras]].<ref name='Sheriff'>Abdul Sheriff, ''Dhow Cultures and the Indian Ocean: Cosmopolitanism, Commerce, and Islam'', Columbia University Press, 2010, págs. 203-205, ISBN 978-0-231-70139-6</ref> Fuentes árabes del siglo X dan testimonio de que en el siglo IX, navegadores de las islas indonesias y malayas realizaban violentas incursiones con fines comerciales en el [[océano
Varias olas migratorias de pobladores austronesios sucedieron a los mercaderes, probablemente entre los siglos XIII y XV. Prueba de ello son, aparte de las características genéticas y lingüísticas, la implantación en Madagascar de técnicas agrícolas, herramientas y ustensilios, ritos funerarios y arquitectura típica de algunas regiones del sureste asiático.<ref name='Sheriff'/>
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