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=== Habilidades ===
Samus comienza con las habilidades básicas de correr, saltar, disparar, y agarrarse a los bordes de las plataformas. Para completar el juego con éxito, deberá ir recuperando sus habilidades, ya sea descargándolas en ciertas DataSalas Roomde datos o absorbiendo ciertos parásitos x.
* '''Wall jump''': Permite a Samus alcanzar zonas más altas con un salto continuo entre paredes estrechas.
* '''MissilesMisiles''': Permite disparar misiles. Samus cuenta con un número determinado, ampliable a través de cápsulas de misiles, que incrementan la cantidad disponible en 5 unidades. MAX 48 expansiones+la descarga del lanzamissiles = 250 missiles
* '''Morph ballMorfosfera''': Permite convertise en una morfosfera, para atravesar sitios estrechos.
* '''ChargeRayo beamRecarga''': Permite cargar el disparo antes de lanzarlo. La potencia aumenta cuanto más se recargue, hasta cierto límite. El chargerayo beamrecarga equivale a 3 missiles de los primeros que tienes.
* '''BombsBombas''': Permite a Samus colocar bombas en el modo morfosfera, para abrirse camino por el escenario o atacar en dicho modo. También puede saltar si se queda quieta al explotar una bomba.
* '''Hi-JumpSúper salto''': Samus puede realizar un salto mas prolongado. Además la morfosfera adquirira salto, con lo cual no necesitaras bombas para propulsarte.
* '''Jump ballRotosalto''': Es adquirido junto con la habilidad Hi-jumpSúper salto. Permite el salto, en modo morfosfera, sin necesidad de utilizar bombas.
* '''SpeedSúper boostervelocidad''': Permite a Samus correr a altas velocidades, derribando a los enemigos que encuentre por el camino y destruyendo algunos bloques. Para ello debe estar corriendo un tiempo determinado (11 pasos), sin frenar. Una vez corriendo, si se agacha, seguirá cargada. Entonces puede salir disparada hacia arriba, llegando a lugares elevados (Shinespark). Dicha técnica se puede dirigir hacia izquierda y derecha, e incluso en diagonal. Si usándola das contra una rampa y mantienes presionado hacia derecha o izquierda (depende de la dirección), volverás a ponerte a correr, de lo contrario chocarás. Puede ser usada bajo el agua sin necesidad del GravityTraje Suitgravitatorio.
* '''SuperSúper MissilesMisiles''': Los misiles ocasionan el triple de daño.
* '''WideRayo beamancho''': Aumenta notablemente el rango de fuego, triplicando el disparo.
* '''VariaTraje suitclimático''': Permite a Samus el contacto con temperaturas extremas. Además SA-X no podrá congelarte, pero el daño que ocasionará será significativo aún.
* '''IceMisiles de Missileshielo''': Adición de un efecto congelante a los SuperSúper MissilesMisiles, que permirte congelar enemigos y aumenta la potencia de cada proyectil.
* '''SpaceSalto jumpespacial''': Permite a Samus realizar saltos continuos indefinidos sin necesidad de paredes o superficies.
* '''PlasmaRayo beamde plasma''': La potencia de disparo de Samus aumenta, siendo capaz de atravesar enemigos y causar enormes daños.
* '''PowerBomba bombde energía''': Emite una potente bomba cuya onda expansiva acaba la mayoría de los enemigos y atrae todos los parásitos X. Extremadamente útil para encontrar entradas secretas, aunque hay un número muy limitado, ampliable en dos unidades con ítems escondidos. Un total de 32 expansiones(74bombas74 bombas de energía)
* '''GravityTraje suitgravitatorio''': Permite a Samus el libre movimiento por el agua como si andase por tierra firme, haciendo posible el uso del SpaceSalto Jumpespacial , ella SpeedSúper boostervelocidad. Además, te hace inmune a la lava, aunque no al ácido.
* '''DifussionMisiles missilesde difusión''': Los misiles pueden recargarse, generando una onda expansiva que congela a todos los enemigos cercanos en el cuadrante.
* '''WaveRayo beamde ondas''': Permite a tus disparos atravesar paredes, y los hace aún más potentes.
* '''ScrewAtaque attackbarrena''': Convierte el salto espacial en un ataque mortal, capaz de matar enemigos y destruir cierto tipo de bloques.
* '''IceRayo beamde hielo''': Usado exclusivamente durante la batalla contra el Metroid Omega, permite a Samus disparar potentes ataques de hielo, muy efectivos contra los Metroids.
=== Sectores ===
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