Luego, cumplió funciones como embajador en [[Panamá]], hasta 1992. Ese año, se hizo cargo de la Embajada argentina en [[Portugal]]; cesó en el cargo en 1993. A su regreso, Menem lo designó asesor presidencial, con rango de Secretario de Estado, se desempeñó en ese puesto hasta 1998, cuando renunció. Por esa primera destinación tuvo que declarar en el caso del tráfico de armas a Croacia, ya que oficialmente el embarque de armamento tenía como destino el país del canal interoceánico.<ref name="La tercera"/>
A partir de los años 2000, se dedicó a escribir libros sobre historia argentina contemporánea, respecto asua su visión particular de la historia argentina Yofre protagonizó polémicas declaraciones en las que justificó el terrorismo de Estado amparado en la teoría de los dos demonios.<ref>http://www.infonews.com/nota/169928/polemica-entrevista-de-baby-al-procesado-tata-yofre</ref> En 2006, Tata Yofre en un «microemprendimiento criminal» con su compañero policía [[Pablo Carpintero]] y el periodista [[Héctor Alderete]] (director del portal de noticias Seprín [Servicio privado de inteligencia]).<ref name=Kollmann/> y el espía [[Iván Germán Velázquez]], utilizando software de espionaje de propiedad del Estado nacional, entraban en las casillas de correo electrónico de manera clandestina y copiaban la información sustraída «en modo espejo» espiando a funcionarios nacionales entre ellos a la presidenta Cristina Férnandez de Kirchner, Jorge Capitanich, entre otros.<ref name=Kollmann/><ref>[http://www.minutouno.com.ar/minutouno/nota/82246-Allanan-la-casa-de-un-ex-titular-de-la-SIDE-por-espiar-a-periodistas,-políticos-y-empresarios/ «Allanan la casa de un extitular de la SIDE por espiar a periodistas, políticos y empresarios»], artículo del 30 de noviembre (sin año) en el sitio web ''Minuto Uno'' (Buenos Aires).</ref> para capturar de manera ilegal los mensajes de correo electrónico y las comunicaciones telefónicas de varios políticos, empresarios y periodistas argentinos:<ref name=Kollmann>[[Raúl Kollmann|Kollmann, Raúl]] (2013): [http://www.pagina12.com.ar/diario/elpais/1-228694-2013-09-10.html «Confirmaron los procesamientos de Juan Bautista “Tata” Yofre y otras siete personas por espionaje. Una banda dedicada a hackear cuentas de mail»], artículo del 10 de septiembre de 2013 en el diario ''Página/12'' (Buenos Aires).</ref>
== Procesamiento por asociación ilícita y encubrimiento agravado ==
