Diferencia entre revisiones de «CRISPR»
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El análisis de los CRISPRs en los datos de metagenómica es mucho más demandante, ya que los locus de CRISPR no suelen asemblarse debido a su naturaleza repetitiva ni por variación de cepas, lo cual confunde a los algoritmos. Mientras que hay muchos genomas de referencias disponibles, la PCR se puede utilizar para amplificar arreglos de CRISPR y así analizar el contenido de los espaciadores.<ref name="pmid18065539">{{Cite pmid|18065539}}</ref><ref name="pmid21149389">{{Cite pmid|21149389}}</ref><ref name="pmid22583485"><span class="citation journal">Pride, D. T.; Salzman, J; Relman, D. A. (2012). [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3424356 "Comparisons of clustered regularly interspaced short palindromic repeats and viromes in human saliva reveal bacterial adaptations to salivary viruses"]. ''Environmental microbiology'' <b>14</b> (9): 2564–76. [[Digital object identifier|doi]]:[//dx.doi.org/10.1111%2Fj.1462-2920.2012.02775.x 10.1111/j.1462-2920.2012.02775.x]. [[PubMed Central|PMC]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3424356 3424356]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22583485 22583485].</span><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rfr_id=info%3Asid%2Fen.wikipedia.org%3ASpecial%3AExpandTemplates&rft.atitle=Comparisons+of+clustered+regularly+interspaced+short+palindromic+repeats+and+viromes+in+human+saliva+reveal+bacterial+adaptations+to+salivary+viruses&rft.aufirst=D.+T.&rft.aulast=Pride&rft.au=Pride%2C+D.+T.&rft.au=Relman%2C+D.+A.&rft.au=Salzman%2C+J&rft.date=2012&rft.genre=article&rft_id=%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fpmc%2Farticles%2FPMC3424356&rft_id=info%3Adoi%2F10.1111%2Fj.1462-2920.2012.02775.x&rft_id=info%3Apmc%2F3424356&rft_id=info%3Apmid%2F22583485&rft.issue=9&rft.jtitle=Environmental+microbiology&rft.pages=2564-76&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.volume=14" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="plainlinks noprint" style="font-size:smaller"> [//en.wikipedia.org/w/index.php?title=Template:Cite_pmid/22583485&action=edit&editintro=Template:Cite_pmid/editintro2 edit]</span></ref><ref name="pmid23701169"><span class="citation journal">Held, N. L.; Herrera, A; Whitaker, R. J. (2013). "Reassortment of CRISPR repeat-spacer loci in Sulfolobus islandicus". ''Environmental microbiology''. [[Digital object identifier|doi]]:[//dx.doi.org/10.1111%2F1462-2920.12146 10.1111/1462-2920.12146]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23701169 23701169].</span><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rfr_id=info%3Asid%2Fen.wikipedia.org%3ASpecial%3AExpandTemplates&rft.atitle=Reassortment+of+CRISPR+repeat-spacer+loci+in+Sulfolobus+islandicus&rft.aufirst=N.+L.&rft.au=Held%2C+N.+L.&rft.au=Herrera%2C+A&rft.aulast=Held&rft.au=Whitaker%2C+R.+J.&rft.date=2013&rft.genre=article&rft_id=info%3Adoi%2F10.1111%2F1462-2920.12146&rft_id=info%3Apmid%2F23701169&rft.jtitle=Environmental+microbiology&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="plainlinks noprint" style="font-size:smaller"> [//en.wikipedia.org/w/index.php?title=Template:Cite_pmid/23701169&action=edit&editintro=Template:Cite_pmid/editintro2 edit]</span></ref><ref name="pmid20927396"><span class="citation journal">Held, N. L.; Herrera, A; Cadillo-Quiroz, H; Whitaker, R. J. (2010). [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2946923 "CRISPR associated diversity within a population of Sulfolobus islandicus"]. ''PloS one'' <b>5</b> (9). [[Digital object identifier|doi]]:[//dx.doi.org/10.1371%2Fjournal.pone.0012988 10.1371/journal.pone.0012988]. [[PubMed Central|PMC]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2946923 2946923]. [[PubMed Identifier|PMID]] [//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20927396 20927396].</span><span title="ctx_ver=Z39.88-2004&rfr_id=info%3Asid%2Fen.wikipedia.org%3ASpecial%3AExpandTemplates&rft.atitle=CRISPR+associated+diversity+within+a+population+of+Sulfolobus+islandicus&rft.au=Cadillo-Quiroz%2C+H&rft.aufirst=N.+L.&rft.au=Held%2C+N.+L.&rft.au=Herrera%2C+A&rft.aulast=Held&rft.au=Whitaker%2C+R.+J.&rft.date=2010&rft.genre=article&rft_id=%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fpmc%2Farticles%2FPMC2946923&rft_id=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0012988&rft_id=info%3Apmc%2F2946923&rft_id=info%3Apmid%2F20927396&rft.issue=9&rft.jtitle=PloS+one&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.volume=5" class="Z3988"><span style="display:none;"> </span></span><span class="plainlinks noprint" style="font-size:smaller"> [//en.wikipedia.org/w/index.php?title=Template:Cite_pmid/20927396&action=edit&editintro=Template:Cite_pmid/editintro2 edit]</span></ref> Sin embargo, este enfoque sólo dará información de CRISPRs específicamente buscados y en organismos con suficiente representación en bases de datos públicas para poder hacer el diseño de primers de PCR confiables.
El enfoque alterativo es extraer y reconstuir los arreglos de ''CRISPR arrays'' basándose en datos ''shotgun'' metagenómicos. La identificación de los arreglos de CRISPR de lecturas metagenómias es una tarea computacionalmente más difícil, particularmente con las tecnologías de secuenciación de segunda generación (como son 454, Illumina), ya que las longitudes cortas previenen que más de dos o tres unidades repetidas se presenten en una sola lectura. La identificación de CRISPR en lecturas crudas es lograda usando puramente
== Importancia evolutiva ==
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