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Los principios científicos se denominan algunas veces «leyes», como en la expresión «leyes de la termodinámica». Pero una ley científica no es, contra lo que a veces se supone, una «teoría probada» porque las ideas en la ciencias no están sujetas a «prueba» en el mismo sentido que lo están las proposiciones en [[lógica]]. Una «ley» tampoco es una «teoría de la que nadie razonable duda», porque la naturaleza [[inducción|inductiva]] de la ciencias asegura que siempre existe duda al tratar de describir las reglas generales de la naturaleza. También es incorrecto dar por supuesta una estructura jerárquica hipótesis =>⇒ teoría =>⇒ ley. Aunque las leyes científicas se basan en teorías, sólo lo hacen en tanto y en cuanto las teorías expliquen determinados fenómenos. Por ejemplo, las leyes de la termodinámica son resúmenes breves e incompletos de la moderna teoría de la termodinámica. Las mejores explicaciones que la ciencia puede ofrecer son las teorías. En matemática el término «teorema», en el sentido de resultado probado, y «conjetura», en el sentido de hipótesis propuesta pero no probada, son más comunes como afirmaciones individuales. La teoría es un cuerpo completo de conocimiento, como la [[teoría de números]], la [[teoría de Galois]], etc.

En algunas áreas de la filosofía, el término «teoría» es históricamente aceptado para describir una línea de pensamiento bien definida o un género de especulación filosófica razonada. Aún en tales casos, «teoría» no es lo mismo que «hipótesis».