Después de una indiferente temporada 2006 Super 14, durante el cual Burger sólo mostró destellos de la brillantez que lo llevó a la cima del mundo de rugby, fue una vez más a favor de iniciar en su camiseta número 6 (openside Flanker en el rugby de Sudáfrica) en el nacional equipo para la próxima ampliación de Tres Naciones serie de ensayos en contra de Australia y Nueva Zelanda. JugoJugó un partido contra Escocia el 17 de junio, en el cual Burger sufrió una grave lesión de cuello.Al día siguiente, se confirmó que se requiere de una cirugía de fusión en el cuello y estaría fuera de acción por lo menos lo que resta de 2006. La lesión y la cirugía fue lo suficientemente grave como para que a los medios de comunicación digan, "No "No quiero saltar a conclusiones -, pero existe la posibilidad de que nunca podrá jugar otra vez." dijo el padre de Burger en un programa de radio de [[Ciudad del Cabo]] que el perjuicio fue entre su sexta y séptima vértebras cervicales, añadiendo: "Aunque la operación es difícil el hecho de que el perjuicio es menor por el cuello es bueno para un futuro hacer un pronóstico de recuperación completa."La Unión de Rugby de Sudáfrica publicó una declaración el 24 de junio, la fecha de la cirugía, lo que indica que la cirugía fue éxito y que se sometería a Burger seis a ocho meses de rehabilitación con los planes para volver a él juego.
'''2007'''
Tras el éxito de la cirugía y la rehabilitación Burger volvió a las canchas el 13 de enero jugando 55 minutos en la derrota de los Stormers. Después de un vacilante inicio de la temporada 2007 Super 14, Burger inspiró la Stormers a su primera victoria de la campaña contra los Chiefs jugando con los Stormers registrado sus primeros puntos de la temporada en una tensa 21o-16.º victoria en el Estadio Newlands.
A mediados de 2007 fue recogido en la escuadra de los Springboks para la [[Copa del Mundo de Rugby 2007]].Durante los Springboks el primer partido de la Copa del Mundo de Rugby contra Samoa, Burger fue citado por hacer frente a un alto en Junior Polu, y el 11 de septiembre se dio un período de cuatro partido de suspensión que, en teoría, tendría que mantenerse fuera del equipo hasta las semifinales de final.Sin embargo, esta se redujo a un partido de suspensión.
Línea 63:
'''2015'''
Seleccionado por su país para la [[Copa Mundial de Rugby de 2015]], en el partido contra [[selección de rugby de Samoa|Samoa]], que terminó con victoria sudafricana 6-46, Burger anotó un [[try|ensayo]].<ref>{{cita web |url= http://www.espn.com.ar/rugby/resultados/ficha?partido=181983&equipo=15&torneo=164205 |título= Samoa(6) vs (46) Sudáfrica |editorial= ESPN Scrum |ubicación=Argentina |idioma=español |fechaacceso=3 de octubre de 2015}}</ref> Anotó un [[try|ensayo]] en la victoria sudafricana (16-34) sobre [[Selección de rugby de Escocia|Escocia]].<ref>{{cita web |url=http://www.espn.com.ar/rugby/resultados/ficha/_/partido/181994/equipo/2/torneo/164205 |título= Escocia(16) vs (34) Sudáfrica|editorial= ESPN Scrum |ubicación=Argentina |fechaacceso=4 de octubre de 2015}}</ref> Con 55 metros y diez placajes, Schalk Burger fue escogido por los espectadores (a través de [[Twitter]]) como ''Man of the Match'' ("Jugador del partido") en el partido de cuartos de final, en el que Sudáfrica ganó 23-19 a [[Selección de rugby de Gales|Gales]].
