En esta edición, por primera vez en muchos años, no se disputó ninguna etapa en los Pirineos, a pesar de lo cual, contaba con cinco finales en alto. En el recorrido de la prueba también destacan dos contrarrelojes individuales de media distancia y un prólogo de siete kilómetros disputado por equipos.
Seis fueron los triunfos de etapa conseguidos por ciclistas españoles, además de la clasificación de la montaña, que fue para Egoi Martínez. También seis fue el número de ciclistas diferentes que vistieron el jersey oro que identificaba al líder de la clasificación general.
Pelotón a su paso por la aldea de La Cardenchosa (Badajoz)
Tras las tres primeras etapas de montaña, Valverde era líder de la carrera, seguido de Kashechkin, Sastre y Gómez Marchante a menos de un minuto, los cuales junto a algún otro ciclistas, como Vinokourov o Danielson, se presentaban como los más fuertes de la competición. Al término de la primera contrarreloj individual, la ventaja de Valverde se había incrementado hasta casi un minuto con el segundo clasificado, Kashechkin. Gómez Marchante, quinto clasificado, se encontraba ya a más de dos minutos de diferencia.
La 16.ª etapa, también con final en alto, supuso un incremento en la ventaja de Valverde respecto a sus rivales. Vinokourov y Sastre, sus más inmediatos perseguidores, se encontraban a más de un minuto y medio. Sin embargo, en la etapa siguiente, el ciclista kazajo consiguió recortar las diferencias, tras escaparse durante el ascenso al último puerto de la jornada, cuya cima se encontraba a unos veinte kilómetros de la meta. Esto, unido a un excelente descenso, le dieron el liderato.
A pesar de las buenas intenciones de Valverde, quien preveía atacar férreamente en la 18.ª etapa, Vinokourov demostró ser el más fuerte una vez más, atacando en la ascensión a la Sierra de la Pandera y descolgando a todos los favoritos con la excepción de su compañero de equipo, el también kazajo Andrey Kashechkin, quien se hizo con el triunfo de etapa y el tercer puesto de la general. Alexander Vinokourov redondería su victoria final con un tercer triunfo de etapa, en la última contrarreloj individual.