Esta es una lista de las banderas que se han utilizado en Japón, tanto en el pasado como en el presente. Históricamente cada daimyō contó con su propia bandera. (Véase sashimono y uma jirushi).
Llamada bandera okinawense (沖縄旗,bandera okinawense?) o bandera de Ryukyu (琉球旗,bandera de Ryukyu?), propuesta por el gobierno civil de Okinawa (沖縄民政府,gobierno civil de Okinawa?).
1952–1967
Insignia civil durante la ocupación estadounidense de Okinawa.
Hiragana estilizado de あいち (Aichi). El emblema también representa la salida del sol y una ola, que indican la posición de Aichi dando hacia el océano Pacífico.
Estrella de 7 picos que significa esperanza y desarrollo. El azul representa el cielo y el mar de Hokkaidō, el rojo la energía de su gente y el blanco la luz y la nieve.
Kanji estilizado de 太 (futo), con la forma de tres hojas de abedul 樺 (kaba) y su fruto, formando el kanji 樺太 (Karafuto). Utilizado entre 1911 y 1945; el territorio ahora forma parte de Rusia.
Letra N estilizada. También representa una paloma, símbolo de paz. Existen dos versiones, una con el nombre de la prefectura en kanji, y otra sin él. Ambas son oficiales.
Tres kanjis de 大 (ō) estilizado. Cada uno representa un pájaro en vuelo, mientras que todo el símbolo representa el sol. Hay dos versiones, uno con el nombre en kanji y otro sin él. Ambas son oficiales.
El azul representa limpieza, frescura e inteligencia, además de simbolizar el cielo y el mar al contar Osaka con aeropuerto y puerto. El azul también hace alusión al apodo de Osaka "la ciudad del agua", por su gran cantidad de ríos y al tener acceso a dos mares. El mon representa una calabaza, símbolo de Toyotomi Hideyoshi. El círculo también representa la letra "O".
16 magatama simbolizando al sol y al desarrollo y fuerza. Las magatama se encontraron en kofun de Sakitama, Gyōda. El blanco simboliza la pureza y la amistad.
Mapa estilizado de la prefectura y del Monte Fuji. El azul simboliza el cielo y el océano Pacífico, el naranja la luz del sol, la pasión y la unidad de la gente.
Tres montañas (yama). La forma también representa la corriente del río Mogami, que corre a través de Yamagata. El azul representa el deseo de alcanzar la paz y un ideal, el blanco la nieve y la pureza de la gente.
La mayoría de los municipios tienen banderas únicas. Al igual que las de las prefecturas, la mayoría tienen símbolos geométricos de dos colores, continuamente incorporando caracteres japoneses.