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En la edición del programa 25 de octubre de 2011, a la que acudía como invitado [[Dani Martín]],<ref>{{Cita web|url=https://www.antena3.com/programas/el-hormiguero/invitados/|título=Los invitados de El Hormiguero con Pablo Motos|fechaacceso=2020-12-18|sitioweb=Antena3|idioma=es}}</ref> este fue protagonista de un truco de magia con una guillotina durante el cual se fingía que este salía mal y era decapitado de manera real. Como parte del montaje, se pudo oír a [[Pablo Motos]], pedir a gritos al camarógrafo que dejara de grabar justo antes de salir a publicidad, y al finalizar esta, Motos declaró que había habido un problema y que darían explicaciones en el próximo programa, terminando así la emisión en nota de alarma. La falsa decapitación de [[Dani Martín]] en ''El hormiguero 3.0'' causó un tremendo revuelo en la red,<ref>{{Cita web|url=https://www.lavanguardia.com/television/20111026/54236234601/polemica-en-el-hormiguero-por-decapitar-en-directo-a-dani-martin.html|título=Polémica en 'El Hormiguero' por 'decapitar' en directo a Dani Martín|fechaacceso=2020-12-18|fecha=2011-10-26|sitioweb=La Vanguardia|idioma=es}}</ref> dividiéndose los usuarios en dos grupos, los que estaban a favor de la broma y los que expresaron su indignación por lo sucedido. Finalmente, el equipo de ''El hormiguero 3.0'' se vio obligado a pedir disculpas públicamente por no haber aclarado lo sucedido antes de finalizar la retransmisión del programa.<ref>{{Cita web|url=https://vertele.eldiario.es/verteletv/actualidad/Dani-Martin-polemica-Hormiguero-Volvere_0_1294970499.html|título=La cabeza de Dani Martín zanjó la polémica en El Hormiguero: Volveré para vengarme|fechaacceso=2020-12-18|apellido=vertele.eldiario.es|fecha=2011-10-27|sitioweb=vertele|idioma=es-ES}}</ref>
En abril de 2017 el programa tuvo una fuerte polémica. Con motivo de promocionar la serie de [[Netflix]] ''[[Las chicas del cable]]'', el elenco femenino fue a ser entrevistado. Varios medios criticaron el enfoque y las preguntas que realizaba Motos, incluyendo preguntas como si ''bailaban reggaeton'' y que ''Ahora las chicas se dividen entre las que saben perrear y las que no''.<ref>{{Cita noticia|título=Columna {{!}} Han venido a ser insultadas a ‘El hormiguero’…|url=https://elpais.com/cultura/2017/04/26/television/1493227701_500323.html|periódico=El País|fecha=2017-04-28|fechaacceso=2020-12-18|issn=1134-6582|idioma=es|nombre=Eneko Ruiz|apellidos=Jiménez}}</ref>
Tanto el programa como su presentador, [[Pablo Motos]], han sido criticados como machistas por su tratamiento y comentarios hacia la mujer por varios medios de comunicación.<ref>[http://www.publico.es/tremending/2017/11/21/twitter-gano-wimbledon-sonriendo-criticas-a-pablo-motos-por-su-comentario-sobre-muguruza/ Sobre Garbiñe Muguruza]; [http://www.publico.es/tremending/2017/05/05/youtube-hoy-ha-venido-a-ser-denigrada-a-el-hormiguero-los-diez-momentos-mas-machistas-del-programa-de-pablo-motos/ Sobre otros casos, donde además pueden ver las portadas también críticas de la revista ''El Jueves'']</ref> Tras la publicación en 2022 del vídeo anual para la erradicación de la violencia de género<ref>[https://www.youtube.com/watch?v=vxfR1-zqdwY Campaña del Ministerio de Igualdad #EntoncesQuien]</ref> en el que se muestra (sin decir su nombre) una frase machista de Pablo Motos, el presentador explica en su programa que él no responde a ese tipo de perfil<ref>[https://twitter.com/El_Hormiguero/status/1595902379471163392?s=20&t=sX_v_U8GcI0PS5bZAYseBA Pablo Motos respondiendo a la campaña]</ref>. Esta respuesta deriva en una campaña en Twitter en la que los usuarios publican decenas de vídeos del presentador en actitudes machistas con un sinfín de actrices, cantantes, mujeres y niñas menores de edad que han pasado por ''El hormiguero''. La productora de Pablo Motos intenta borrar todos esos vídeos<ref>[https://twitter.com/RubenHood15M/status/1596231614778212352 Usuarios denunciando que la productora 7 y Acción les está eliminando los vídeos recopilatorios]</ref>, lo que conlleva que cada vez se localicen y se suban más clips, cortes y recopilaciones del presentador en actitudes denigrantes con las mujeres.
El 11 de septiembre de 2019, ''El hormiguero'' ofreció un premio curioso al portador de un billete de 10 euros.<ref>{{Cita web|url=https://www.diariodesevilla.es/sociedad/billete-10-euros-3000-hormiguero_0_1390661278.html|título=El billete de 10 euros de 'El Hormiguero' ahora vale 6.000 euros|fechaacceso=2020-12-18|apellido=Sevilla|nombre=Diario de|fecha=2019-09-12|sitioweb=Diario de Sevilla|idioma=es-ES}}</ref> Se convirtió en todo un fenómeno viral.
En 2023, a raíz de las declaraciones del socialista [[Alfonso Guerra]] en ''El hormiguero'' sobre la "censura" de chistes por lo "políticamente correcto", diversos humoristas<ref>{{cita noticia|título=Facu Díaz critica el “cinismo” de Pablo Motos: “Presiona a cómicos para que quiten chistes sobre él”|url=https://www.eldiario.es/vertele/noticias/facu-diaz-critica-cinismo-pablo-motos-presiona-comicos-chistes_1_10717554.html|medio=VerTele|fecha=25 de noviembre de 2023|fechaacceso=26 de noviembre de 2023}}</ref><ref>[https://twitter.com/kikegdelariva/status/1728547763636593148 Kike García cuenta la llamada con un trabajador de ''El hormiguero'']</ref><ref>[https://twitter.com/respetocanas/status/1596174299089588227 Raúl Salazar cuenta la llamada con un trabajador de ''El hormiguero'']</ref><ref>[https://twitter.com/TrickyTrapper/status/1596467332251283456 Álvaro Terán cuenta la llamada con el director de comunicaciones de ''El hormiguero'']</ref> denunciaron públicamente las presiones de la productora de Motos para que se retirasen chistes referidos al presentador. El diputado de [[Más Madrid]] Javier Padilla<ref>{{cita noticia|título=Javier Padilla logra miles de 'me gusta' al recordar lo que le pasó con Pablo Motos tras "mencionarle en un discurso"|url=https://www.huffingtonpost.es/virales/javier-padilla-logra-miles-me-gusta-recordar-le-paso-pablo-motos-mencionarle-discurso.html|medio=HuffPost|fecha=26 de noviembre de 2023|fechaacceso=26 de noviembre de 2023}}</ref> y el portal ''[[El_Nacional_(diario_digital_catal%C3%A1n)#En_Blau|En Blau]]''<ref>{{cita noticia|apellido=Villanueva|nombre=Marc|título=La cara oculta de Pablo Motos tras las cámaras. Un VIP, harto, lo revela todo: da miedo|url=https://www.elnacional.cat/enblau/es/television/cara-oculta-pablo-motos-facu-diaz_1127903_102.html|medio=ElNacional.cat|fecha=25 de noviembre de 2023|fechaacceso=26 de noviembre de 2023}}</ref> también denunciaron llamadas por criticar al presentador o su programa.
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