A los tres meses de su matrimonio María empieza a sospechar que está embarazada, viendo como su vientre aumentaba de volumen, pero el alumbramiento no llegaba y el tiempo se dilataba por lo que los médicos atribuyeron la inflamación del vientre real a una hidropesía, vulgar retención de líquidos. Su marido la convenció para que liberase a su hermana Isabel del arresto domiciliario al que se encontraba sometida probablemente para verse favorecido por ella en caso de muerte de su esposa.
¿Qué hizo que con tanta seguridad se anunciase el embarazo de la Reina?,en primer lugar, hubo signos suficientes para convencer a cualquier observador de la corte de que verdaderamente estaba embarazada.La Reina María en íntima confesión comunicó a Reginal Pole el movimiento del niño en su seno,las matronas, damas y médicos de la Reina, dieron en un principio por cierto que estaba embarazada.
El embajador Michieli aseguraba a la Señoría que además de otros signos manifiestos de su embarazo, se atenía al crecimiento de los pechos y a la emisión de leche.
A la distancia de cuatro siglos, es muy aventurado dictaminar sobre lo que sucedió, pero existe la posibilidad, y parece lo más probable, de que verdaderamente se inició el embarazo, pero el feto y la placenta no llegaron a formarse debidamente. La debilidad constitutiva de la Reina y el efecto de encontradas emociones, como la intensa alegría de su reencuentro con Pole y la reconciliación con Roma, junto al temor y sobresalto ante tanta conjura, unido todo ello al intenso dolor de una inminente separación de su esposo Felipe de España, impidieron el desarrollo normal de una gestación.
