Se casó con [[Belén Edwards]], una diseñadora con quien el músico —por entonces al frente de Soda— firmó los papeles en 1987. El matrimonio duró un año. En el tiempo que estuvieron casados, Edwards salía a las rutas con el trío de rock en calidad de vestuarista. <ref>{{Cita web |url=http://www.losandes.com.ar/notas/2010/6/7/estilo-494534.asp# |título=Copia archivada |fechaacceso=18 de diciembre de 2012 |urlarchivo=https://web.archive.org/web/20121214025806/http://www.losandes.com.ar/notas/2010/6/7/estilo-494534.asp# |fechaarchivo=14 de diciembre de 2012 }}</ref>
En 1988 en la conferencia de prensa que realizaban en [[Chile]], para promocionar el lanzamiento del disco ''Doble Vidavida'', conoció a [[Cecilia Amenábar]], una principiante modelo de ese país. Tuvieron una relación a distancia y al poco tiempo Gustavo le regaló un manuscrito que más tarde se convirtió en la canción «[[No necesito verte (Para saberlo)]]».<ref>{{Cita web |obra=Terra Chile |fecha=15 de mayo de 2011 |fechaacceso=26 de octubre de 2011 |título=Cecilia Amenábar muestra la primera carta de amor que le escribió Cerati |url=http://www.terra.cl/musica/index.cfm?id_cat=115&id_reg=1651624 |urlarchivo=https://web.archive.org/web/20110907051320/http://www.terra.cl/musica/index.cfm?id_cat=115&id_reg=1651624 |fechaarchivo=7 de septiembre de 2011 }}</ref> Cuando se cumplió el primer aniversario del ACV de Cerati, Cecilia decidió publicarlo a la [[Editorial Perfil]] como un modo de homenajearlo.<ref name="Perfil">{{Cita web |autor=Agustín Gallardo |obra=Perfil |fecha=15 de mayo de 2011 |fechaacceso=10 de octubre de 2011 |título="Esta carta va con todo mi amor hacia Gustavo" |url=http://www.perfil.com/ediciones/2011/5/edicion_572/contenidos/noticia_0064.html |urlarchivo=https://web.archive.org/web/20111009125900/http://www.perfil.com/ediciones/2011/5/edicion_572/contenidos/noticia_0064.html# |fechaarchivo=9 de octubre de 2011 }}</ref> Gustavo se mudo a vivir con Cecilia a Santiago y el 19 de mayo de 1993 contrajeron matrimonio civil en la localidad de [[Las Condes]]<ref>Servicio de Registro Civil e Identificación, Inscripción N°969, Año: 1993, Circunscripción Las Condes</ref>, en Santiago, y posteriormente, el 25 de junio de 1993 contrajeron el matrimonio religioso en la iglesia Los Misioneros de la localidad de Pedro de Valdivia Norte en [[Santiago de Chile|Santiago]].<ref name="Cosas">{{Cita web |autor=Francisca Olivares C.; Isabel Fuenzalida D |obra=Cosas |fechaacceso=10 de octubre de 2011 |título=Cerati: La voz de más de una generación |url=http://www.cosas.cl/index.php?option=com_content&task=view&id=4923&itemid=209&Itemid=28}}</ref> La pareja tuvo dos hijos: [[Benito Cerati]] (26 de noviembre de 1993) y Lisa Cerati (2 de mayo de 1996), ambos nacidos en la capital chilena.<ref name="Los Andes">{{Cita web |obra=Las Andes |fecha=19 de mayo de 2010 |fechaacceso=8 de octubre de 2011 |título=Cerati en Mendoza: la entrevista antes de la gira internacional |cita=He vivido un tiempo en Santiago. Mis hijos nacieron allá y está la cosa familiar de la pertenencia de ellos; aunque son más argentinos que chilenos |url=http://www.losandes.com.ar/notas/2010/5/19/un-490819.asp |urlarchivo=https://web.archive.org/web/20100726044117/http://www.losandes.com.ar/notas/2010/5/19/un-490819.asp |fechaarchivo=26 de julio de 2010 }}</ref> El año 2002, dejaron de convivir juntos.
Cerati estableció una relación con [[Deborah de Corral]], exnovia de [[Charly Alberti]].<ref>{{Cita web |obra=La Cuarta |fecha=9 de marzo de 2002 |fechaacceso=10 de octubre de 2011 |título=Ceci Amenábar actuará en película eroticona |url=http://www.lacuarta.cl/diario/2002/03/09/09.21.4a.ESP.AMENABAR.html |urlarchivo=https://web.archive.org/web/20120118180749/http://www.lacuarta.cl/diario/2002/03/09/09.21.4a.ESP.AMENABAR.html# |fechaarchivo=18 de enero de 2012 }}</ref> Luego de su ruptura con De Corral, conoció, en julio de 2005, a la vestuarista [[Sofía Medrano]], en la producción de un calendario a beneficio de la Fundación Huésped. En 2008 comenzó su relación con la actriz argentina [[Leonora Balcarce]], recién separada del músico Gonzalo Aloras. En 2009 terminó su breve relación con la joven actriz. Al momento de su [[ataque cerebrovascular]], Cerati se encontraba en pareja con la modelo argentina [[Chloé Bello]].<ref>[http://www.diarioperfil.com.ar/edimp/0494/articulo.php?art=23585&ed=0494 "Chloe Bello visitó a su novio, Cerati, en su cumpleaños 51", Diario Perfil]</ref> Fue hincha del [[Racing Club]] de [[Avellaneda (Buenos Aires)|Avellaneda]].<ref>Canchallena. [http://canchallena.lanacion.com.ar/1724404-murio-gustavo-cerati-el-hincha-de-racing-que-se-alejo-del-futbol-por-decepcion Murió Gustavo Cerati, el hincha de Racing que se alejó del fútbol por "decepción"] (Consultado en 7 de septiembre de 2014)</ref>
