Zúñiga comenzó su carrera con el [[Itagüí Leones Fútbol Club|Itagüí Leones]] de Colombia. Al siguiente año jugó para [[San Francisco Fútbol Club|San Francisco]] en Panamá. En enero de 2020 fichó como cedido por [[Club Alianza Lima|Alianza Lima]] en la [[Primera División del Perú]] llegando como el artillero blanquiazul. ySin enembargo, lafue presentacionmuy delcriticado Club hizo un baile que hizo saltardebido a todosus undiscretas estadioactuaciones, dealgunos ahierrores surgeen elsu apodojuego dey "Atrevido",no dondellegar haa disputadomarcar 13gol partidosalguno yen tuvolos más caídas (1)partidos que goles (0)disputó. Dejó el club en octubre y vuelve a su dueño de pase.<ref>{{Cita web|url=https://www.foxsports.com/soccer/alianza-lima-team-roster|título=Alianza Lima Soccer Team Roster|fechaacceso=2021-01-30|sitioweb=FOX Sports|idioma=en-US}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://www.laestrella.com.pa/deportes/futbol/190409/zuniga-rapidos-cristian-jugadores|título=Cristian Zúñiga: ‘Soy uno de los jugadores más rápidos del fútbol panameño'|fechaacceso=2021-01-30|apellido=Panamá|nombre=GESE-La Estrella de|sitioweb=La Estrella de Panamá|idioma=es}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://www.futbolperuano.com/liga-1/noticias/fichajes-2020-en-alianza-lima-altas-bajas-y-rumores-en-el-mercado-de-pases-250128|título=Fichajes 2020 en Alianza Lima: Altas, bajas y rumores|fechaacceso=2021-01-30|apellido=Futbolperuano.com|nombre=Redacción-|fecha=2019-12-09|sitioweb=Futbolperuano.com|idioma=español}}</ref>
