Ivan Đikić se ha dedicado asimismo a la educación de científicos y ha contribuido a la organización de numerosos talleres y conferencias internacionales. En 1998, inició la serie de ['''''Dubrovnik Cell Signalling Conferences''''', <ref>{{Cita web|url=https://web.archive.org/web/20161030003938/http://events.embo.org/16-signalling-cancer/|título=Cellular '''Dubrovniksignalling Celland Signallingcancer Conferences'''],therapy|fechaacceso=2021-06-19|fecha=2016-10-30|sitioweb=web.archive.org}}</ref> patrocinadas por [http://www.embo.org EMBO] desde 2004. Además, está implicado en la organización de las conferencias EMBO (Conferencias sobre Ubiquitina de 2015 y 2013; Conferencia sobre la Autofagia de 2011, Conferencia de Microbiología Celular de 2010 y 2008) y sus cursos (2012, 2010, 2008, 2006 sobre Ubiquitina/SUMO; sobre ubiquitina y daño celular en 2010) así como en las conferencias Keystone y CSH. En julio de 2016, fue el organizador de la {{Enlace roto|1=[http://www.biochem2.de/UbAut2016 '''Conferencia de Fráncfort sobre ubiquitina y autofagia'''] |2=http://www.biochem2.de/UbAut2016 |bot=InternetArchiveBot }} junto con Volker Dötsch.
