Plantilla discusión:Ficha de proteína

Sobre la ficha de proteína

A continuación se transcribe una conversación entre el usuario J3D3 (disc. · contr. · bloq.) y el usuario Metrónomo (disc. · contr. · bloq.), sobre el aspecto general y la funcionalidad de la nueva adaptación de la {{Ficha de proteína}}:

Plantilla:Ficha de proteína

Hola Metrónomo, entiendo que tus ediciones en esta plantilla tienen por finalidad adecuarla a una plantilla genérica, y se nota que le has puesto empeño al trabajo, pero la verdad el resultado final dista mucho de ser perfecto, la plantilla ha perdido más de la mitad de la información útil que presentaba (por ejemplo toda la sección completa de ontología génica, el patrón de expresión por tejidos, mezcla PDB (en un título) que es el nombre particular de UNA base de datos que se especializa en estructuras proteicas con los nombres de otras bases de datos que se especializan en cosas distintas (por ejemplo en la estructura del gen que codifica para esa proteína), y para peor PDB es una base de datos sobre estructuras proteicas, no solo sobre estructuras enzimáticas (las enzimas son proteínas pero no todas las proteínas son enzimas) el título actualmente dice "estructuras enzimáticas PDB", pero la ficha tiene que servir también para otras proteínas que no necesariamente son enzimas, actualmente es como si dijeras en un título de la ficha "todas las operaciones matemáticas son sumas". Y uno de los peores errores que tiene es que pone como referencias a enlaces externos cuya finalidad era alcanzar de forma sencilla los datos sobre esa proteína en particular o esa enzima en particular en varias bases de datos diferentes, por ejemplo la sección identificadores, contenía enlaces que identificaban a diferentes estructuras (para una misma proteína) en diferentes bases de datos. A esos los has puesto como referencias, también ha desaparecido el enlace a la ruta metabólica en la que participa una determinada enzima, y mezclas el número EC que identifica a una reacción en particular (que puede ser catalizada por enzimas diferentes) con los identificadores de otras bases de datos, de nuevo poniendo estos identificadores como referencias y no como enlaces externos.

Fijate en como se veía antes transportador de dopamina (estaba igual que en la en:wiki) y como se ve ahora, haciendo click en donde dice desplegar, para que veas la cantidad de información que desapareciste de un plumazo, y para que compares como reorganizaste contenidos sin entender muy bien que es lo que estabas haciendo.

Penúltimamente te aconsejo que veas como queda la ficha de proteínas actualmente en un monitor de menor resolución. Digamos en uno de 1024x768 o peor en uno de 800x600, vas a ver que la ficha se come la mitad de la pantalla (o toda la pantalla completa).

Finalmente (y esto es a título personal), quedó fea. Pero ese punto es discutible.

Te pido que busquemos una forma de recuperar toda esa información que borraste, y organicemos de modo coherente la información de la ficha porque ahora no tiene ningún sentido. Si no te gusta el aspecto de la en:wiki, perfecto; pero los tipos se tomaron muy en serio el presentar información certera, coherente y organizada. Cosa que actualmente nuestra ficha no tiene.

Un abrazo. Esteban ♒ じゅうさん土さん の 告白 ! :) 09:19 7 ene 2015 (UTC)

Esa plantilla es el infierno en la Tierra. Desde hacía un tiempo estaba en la lista de tareas por hacer del Wikiproyecto:Plantillas. Lo del tema estético dejémoslo de lado, mi opinión personal es que la combinación anterior de gris con verde no es la más afortunada. Salvo por el hecho de que eliminé el verde, tomé los otros colores de la misma plantilla, para no innovar. El resto es el estilo definido para todas las fichas, desde la plantilla genérica. Pero concentrémosnos en las cuestiones técnicas, que son los escollos a salvar. Me considero una persona avezada en tema de plantillas, pero jamás había visto una ficha tan compleja como ésta, digamos que hice lo mejor que pude.

La ontología génica es un problema, no la puedo dejar desplegable por limitaciones actuales de {{Lista desplegable}}; y si lo hago, la ficha completa se rompe. Pero si la dejo no desplegable, la ficha pasa a ser excesivamente larga. Por definición, una ficha es un resumen del artículo; no debe contener todo lo que se puede decir sobre el tema, sino solo una selacción. Las fichas excesivamene largas normalmente se recortan y se pide que la información volcada en esos parámetros se lleve al cuerpo principal del artículo. De momento, mantengo la versión que incluye esa sección en el historial, por si en el futuro se puede sortear el problema de la sección desplegable; pero mientras no sea así, lo que te diría es que la información se retire de la ficha y se lleve al artículo. Hace poco se abrió un hilo en el café para que todas las secciones fueran desplegables por defecto, en especial por este tema de las fichas largas en exceso, pero no hubo consenso (más bien rechazo) para esta propuesta.

El patrón de expresión por tejidos, ¿son la serie de imágenes que borré? Si es así, es por la misma cuestión. Abarcaba hasta tres imágenes, generalmente de alta resolución. Por lo que pude ver en la versión en inglés, en la ficha es muy difícil para el lector no experto saber de qué se trata. Además no hay ningún tipo de explicación, son solo gráficos. Dado que lo máximo que se puede apilar de imágenes en una ficha son dos, tendría que añadirlos en un campo de datos. Pero volvemos a lo mismo, se extiende mucho la ficha por cada imagen nueva y a la vez se pierde mucha definición por reducirlas tanto que lo mejor es quitarlas de la ficha y llevarlas a una sección nueva, si es que no existe. Cada Wikipedia es única, tiene sus propios matices, normas y costumbres, no todo debe ser idéntico a las otras.

Con respecto a mezcla PDB no sé de que hablas, como todavía hay cosas pendientes por hacerle a la ficha, cuando vuelva a pasarme por ella lo reviso.

Con respecto a los identificadores, ahí si que hay un enredo monumental. No se puede dejar como estaba antes porque se incumple con Wikipedia:Enlaces externos que nos lo prohibe, lo ideal es trasladarlos como referencias. Indicamos cuál es el identificador y luego lo referenciamos. Ahí todavía hay mucho por hacer, trabajando más sobre {{Ficha de proteína/Enlaces}} para que abarque a todos lo que se mencionan, incluya plantillas auxiliares de las que podemos prescindir y se adapte a los formatos tradicionales de citas. No considero a este punto como perfecto, trato de hacer que no se pierda información, el código sea legible y a la vez se cumplan las normas editoriales, estoy haciendo lo mejor que puedo. Cualquier ayuda es bienvenida.

Saludos, Metrónomo's truth of the day: «la violencia es el último recurso del incompetente» 17:37 7 ene 2015 (UTC)

Volvemos a lo técnico, si la ficha funcionaba tal y como estaba, ¿cuál es el sentido de reinventar la rueda?, podríamos haber limpiado un poco el código, (yo estaba analizando con cuidado un par de caminos posibles, por ejemplo hacer una plantilla formada por varias secciones cada una de las cuales fuera a su vez una subplantilla, para reutilizar código, y facilitar el mantenimiento), no es la cuestión de que las nuestras sean o no iguales a las de otras wikipedias y las políticas propias de cada wikipedia (que en este caso me parece una excusa para adoptar la mediocridad), la cuestión es si cumple o no la finalidad de brindar una información certera, completa y ordenada.

Antes no estaba totalmente completa, pero estaba más completa que ahora y sobre todo ordenada en forma lógica. No pongo en duda tu experiencia en el manejo de plantillas, que seguramente es con mucho muy superior a la mía, lo que estoy criticando es el criterio que has utilizado para clasificar a determinada información como "importante" y a otra información como "irrelevante", y lo que tengo que concluír es que el criterio que has utilizado es el de la simple comodidad, y no el de la relevancia de una información sobre la que no estás adecuadamente enterado.

Puedo coincidir en que hay determinadas secciones que pueden haber resultado difíciles de entender para los prófanos, pero eso no significa que fueran irrelevantes, en todo caso podríamos haber trabajado para hacerlas más accesibles, pero directamente cortarlas porque son "incomprensibles para el vulgo", para mí se siente como si le hubieras prendido fuego a una biblioteca pública porque no tiene libros sobre como plantar lechugas. No se si me entendés.

Una cosa que tiene la en:wiki que nuestra wiki no tiene es la colaboración de muchísimos investigadores, docentes, y profesionales de áreas específicas relacionadas con las ciencias. Los artículos relacionados con ciencias en la en:wiki podrían pasar tranquilamente por contenidos de libros de texto, en parte puede ser comprensible porque prácticamente toda la producción en materia de ciencias se publica en inglés, por lo que resulta más accesible para los editores, pero en gran parte es debido a que han sabido capitalizar el trabajo de gente que conoce de los temas sobre los que escriben. En nuestra wikipedia tenemos muy buenos historiadores, geógrafos, sociólogos y psicólogos, pero en el área de ciencias duras, dejamos muchísimo que desear y somos poquísimos los que trabajamos en artículos de estas índoles.

Y la verdad, para ser sinceros, es mucho más difícil escribir desde cero un artículo sobre un contenido relevante que traducirlo, ampliarlo y adaptarlo a nuestro contexto. Y el área de proteínas es un área crítica en las ciencias biológicas, y de la salud. No entiendo porqué debemos renunciar a información y contenidos presentados de una forma clara y accesible, por motivos estéticos (que en realidad no eran tales, porque, como dije, la ficha cumplía su cometido). Repito podríamos tratar de trabajar sobre el código para que sea más accesible al mantenimiento, pero borrar de un plumazo la mitad de la información que presenta la ficha me produce la misma angustia que presenciar un acto criminal.

Mirá con respecto al gráfico de expresión de tejidos, el siguiente es un ejemplo:

Ese es el tamaño original con el que aparece en la ficha (255 × 135 píxeles), lo que muestra el gráfico es, básicamente la cantidad de ARNm codificante para la proteína en cuestión, y como se produce en más de 80 tejidos diferentes (incluyendo tejidos patológicos, como los de algunos tipos de cáncer), esto te permite, desde el punto de vista más simple; entender que hay proteínas específicas de tejidos (por ejemplo la insulina se produce en el páncreas, pero no en el cerebro), y otras proteínas que son ubícuas. Las proteínas ubícuas en general se encuentran relacionadas con el metabolismo básico de las células; te permite observar de un vistazo en qué tejidos es más probable encontrar una determinada proteína, o ver proteínas que pueden ser marcadoras específicas de tejidos. Esto último es de una ENORME utilidad, por ejemplo para entender porqué se utiliza determinado medicamento en determinada forma de cáncer (explicación: porque ese medicamento actúa sobre una proteína que se expresa principalmente en esa forma de cáncer y no en células normales). Y es muy difícil de presentar en forma de palabras y mucho más difícil de hacerlo en una forma fácil de digerir. Un gráfico te permite evaluar un centenar de tejidos en un solo vistazo. Y por si hubiera alguna duda sobre el significado del gráfico, la misma página de Commons, brinda un enlace a un gráfico más detallado donde se explica que tejido representa cada columna, que en el caso anterior es este:

Con respecto a la ontología génica, es una iniciativa bioinformática (una base de datos continuamente actualizada) que permite comparar la similitud de diferentes proteínas dentro de una misma especie y entre diferentes especies. Esto permite entender las relaciones evolutivas que hay entre diferentes especies, e incluso las relaciones evolutivas que hay entre diferentes proteínas dentro de una misma especie. La base de datos GO es una herramienta invaluable y es de libre acceso, pero ahora en nuestra ficha de proteínas no aparece. Hemos dejado de considerar a las proteínas en su contexto evolutivo para verlas como algo fijo e inmutable, o sea un salto cualitativo de casi setenta años (hacia atrás).

Con respecto a los identificadores de bases de datos, entiendo que puede parecer confuso (y lo es) porque hay más de cuarenta bases de datos diferentes en todo el mundo, una misma proteína de una misma especie puede tener un identificador (un nombre en código) en una base de datos y otro identificador diferente en otra base de datos, o incluso dos o más identificadores diferentes dentro de una misma base de datos. Y la peor parte es que la información que brindan diferentes identificadores no se solapan entre sí.

Por ejemplo PDB, se especializa en estructuras (esto es en la forma tridimensional que tienen las proteínas) para esto hacen resoluciones de estructuras cristalinas por cristalografía de rayos X. Básicamente se congela la proteína y se le saca una foto con rayos X y a partir del patrón de sombras y luces que se obtiene se reconstruye la estructura tridimensional.

Las proteínas se congelan, porque son flexibles y cuando interactúan con otras moléculas modifican su estructura tridimensional. Entonces una misma proteína puede tener diferentes estructuras tridimensionales dependiendo de las moléculas con las que esté interactuando.

Comparar diferentes estructuras de una misma proteína permite entender, por ejemplo, como actúa un determinado neurotransmisor sobre un determinado receptor, y cómo un determinado medicamento puede alterar esta relación. Cómo encaja un metabolito en una enzima y cómo se puede inhibir esa enzima con otra molécula que encaje en el mismo sitio, etc, etc, etc.

Al ponerlos como referencia estás obligando al lector a buscar el enlace en las referencias (si es que entiende cómo es que lo has organizado), para comprobar una determinada estructura, y a volver a buscar en las referencias para comparar esta estructura con otra, y a volver a buscar en las referencias para comparar la estructura de la proteína con la estructura del gen, y la de su respectivo ARN, y la vía metabólica o la estructura subcelular a la cual pertenece. No era información inútil, y estaba organizada en forma de facilitar el acceso a estas bases de datos, no como referencias o justificaciones sobre lo que está escrito en el cuerpo del artículo.

Cosa por otro lado que sería un gran desperdicio de esfuerzo (digo, el copiar cada uno de los contenidos presentes en cada una de estas bases de datos, en el cuerpo del artículo, importar los gráficos, las vías metabólicas, las estructuras de los genes, etc, etc, etc.) El cuerpo del artículo puede contener la información más relevante, está bien, pero la ficha brindaba un servicio enorme funcionando en cierta forma como una "plantilla de navegación" ( -sigo sin entender también cual es el problema con las plantillas de navegación, siendo unas herramientas notables en cuanto a la facilidad de acceso a la información que brindan, pero bueno esa es otra discusión- ) facilitando el acceso a numerosas bases de datos, a las cuales de otra forma habría que acceder en particular o utilizando buscadores académicos específicos.

Y relacionado con el mismo tema, nuestra política sobre enlaces externos no los prohíbe, ni mucho menos, pide mantenerlos lo más bajos posibles (entendible si utilizamos diferentes enlaces que brindan la misma información, pero no diferentes enlaces que brindan información diferente): es más, dice específicamente que:

Los enlaces externos no deben ser usados en el cuerpo del artículo. Su sitio es la sección de enlaces externos, las referencias o las cajas de información («fichas») del propio artículo.

Entonces, te vuelvo a repetir, tratemos de buscar una forma de conservar información extremadamente importante, relevante y bien ordenada, con una colección de enlaces externos bien presentada, relevante y en la sección que corresponde. Puede ser más trabajo, lo admito, la ficha era una pesadilla desde el punto de vista del mantenimiento, pero cumplía su cometido. Veamos cómo podemos hacer para mejorarla, no le prendamos fuego.

Un abrazo.

Esteban ♒ じゅうさん土さん の 告白 ! :) 02:19 8 ene 2015 (UTC)

Tienes mucha razón con respecto a lo de los enlaces externos, afortunadamente eso se puede cambiar sin grandes dificultades. El que me lo hayas hecho notar me ha dado oportunidad de descubrir algo: el texto aprobado por votación (que no incluye lo de las fichas) difiere en varios puntos del actual. Es más, ni siquiera tras la fusión de historiales entre la norma aprobada (Wikipedia:Convenciones sobre enlaces externos, curioso que hoy en día se titule como política) y la página descriptiva (Wikipedia:Enlaces externos) lo contiene, solo mencionan la sección de enlaces externos y la de referencias. Resulta que se añadió de forma inconsulta, se retiró tras la queja de un usuario sobre hacer modificaciones de fondo en una política y luego se volvió a añadir. Lo hecho, hecho está. Voy a aceptar mi error, pero me quedo con el dato curioso de cómo se podía modificar tan abiertamente la letra de una norma hace siete años.

Dices que la ficha funcionaba tal cual estaba, eso es cierto, pero no estaba adaptada a la ficha genérica, y eso es un escollo insalvable. En Wikipedia en español todas las fichas deben basarse en ésta, sin excepciones. Eso complica el asunto de usarla tal cual se encuentra en la otra Wikipedia, hay que adaptarla. Lo mismo corre para el hecho de que los parámetros deben estar en español y no todos lo hacen. Esa es la principal diferencia, las fichas no se pueden simplemente copiar y pegar, se deben adaptar. No se trata de reinventar la rueda, sino de que son proyectos diferentes.

Sobre lo de decidir qué información es relevante o no, eso puedes hacerlo tú, si lo deseas; más si entiendes del tema. Solamente recuerda que la ficha no debe ser larga en exceso y que solo debe contener un resumen de la información, la que se considere más relevante. Puedo reintegrar la sección de ontología génica, pero no será desplegable, lo siento. Idealmente, podemos tratar de dejarla lo más similar a la anterior posible y luego debatir en la página de discusión sobre qué información presentar y cómo organizarla. Lo mismo vale para las imágenes.

Sobre la idea de usar subplantillas para las secciones; bueno, es el mismo punto de antes, hay que usar la ficha genérica, lo siento. La plantilla de sección desplegable es, en mi opinión, muy limitada, pero modificarla no es tarea sencilla. Aún así, voy a hacer lo que pueda porque funcione combinándose con las columnas. No ofrezco garantías a corto plazo.

Creo que estás exagerando el tono de mis palabras, había problemas técnicos (la sección desplegable, la serie de tres imágenes en medio de la ficha) y al no encontrarles una solución y notar que la ficha es excesivamente extensa (perdiendo su sentido de servir de resumen) decidí retirarlo. Ambas cosas son reversibles, no soy una persona cerrada a los argumentos de los demás.

Me parece que deberíamos trasladar el debate a la página de discusión de la plantilla, para que quede constancia en el futuro sobre los argumentos que se esgrimieron y las decisiones tomadas. Te propongo algo, revierto mis propios cambios (y solicito la restauración de {{Ficha3cols}} y {{Ficha/filas}}) y trabajamos en la zona de pruebas de la ficha, usando extensivamente la página de casos de prueba, que es lo que corresponde cuando se están desarrollando cambios complejos. Que el resultado sea producto del consenso y que se llegue al mejor punto intermedio. Saludos, Metrónomo's truth of the day: «la violencia es el último recurso del incompetente» 04:59 8 ene 2015 (UTC)

Me parece que deberíamos trasladar el debate a la página de discusión de la plantilla, para que quede constancia en el futuro sobre los argumentos que se esgrimieron y las decisiones tomadas. Te propongo algo, revierto mis propios cambios (y solicito la restauración de {{Ficha3cols}} y {{Ficha/filas}}) y trabajamos en la zona de pruebas de la ficha, usando extensivamente la página de casos de prueba, que es lo que corresponde cuando se están desarrollando cambios complejos. Que el resultado sea producto del consenso y que se llegue al mejor punto intermedio. Saludos, Metrónomo's truth of the day «la violencia es el último recurso del incompetente» 04:59 8 ene 2015 (UTC)

Me parece una propuesta excelente, y de paso aprovechamos para corregir (a mi parecer) un defecto que tiene la plantilla de la en:wiki.

¿Cómo te parece que traslademos la discusión? Nunca lo he hecho antes, de modo que en esto voy a confiar en tu criterio.

Y muchas gracias por escuchar, y buscar una alternativa. Es una actitud que debería estar mucho más extendida. Gracias de nuevo.

Un gran abrazo. Esteban ♒ じゅうさん土さん の 告白 ! :) 04:05 9 ene 2015 (UTC)

Fin de la transcripción Esteban ♒ じゅうさん土さん の 告白 ! :) 19:27 10 ene 2015 (UTC)

Nueva plantilla...

Y tanto que me gustaba esta plantilla :( pero sabia que iba a ser modificada drásticamente para adaptarla a la genérica. Concuerdo con Esteban, le falta MUCHA información (genatlas, function, process, PDB... etc) a esta nueva plantilla; lamentablemente prefiero escribir artículos ahora que re-aprender a programar (tuve suficiente con la de medicamentos). Así que metrónomo, dejo en tus manos la plantilla! Saludos. MindZiper (discusión) 20:42 11 ene 2015 (UTC)

Progresos con la maqueta

Bueno, empecé a darle forma a la maqueta de cómo podría adaptarse la ficha de proteína, me encontré con el mismo problema que Metrónomo (disc. · contr. · bloq.) con la ruptura de la sección desplegable, no conseguía dar con el problema, hasta que reparé en un salto doble de línea en el código de la plantilla, lo eliminé y listo, funciona como por encanto. La maqueta ya tiene una forma definida, me falta ultimar algunos detalles, y luego comienzo a agregar el código funcional. Si no conté mal, en mi bosquejo en papel, tengo que manejar 62 variables, pero bueno, por algo se empieza :). Igual cualquier ayuda es bienvenida.

Esteban ♒ じゅうさん土さん の 告白 ! :) 09:13 12 ene 2015 (UTC)

Comentario. Me parece interesante la maqueta y la discusión precedente. Al respecto, debo indicar que:

• Efectivamente, por definición una ficha debiera ser un resumen del artículo, cosa que por cierto no es necesariamente la norma considerando que en muchos casos muestra más información que la presente en el cuerpo del artículo; es más, es común que sea la que precisamente muestra mayor información enciclopédica que es omitida en los meros esbozos o el par de líneas que la acompaña al lado izquierdo. Si alguien quiere darse a la tarea titánica de trasladar la información que se retire de la ficha al artículo, pues adelante, que lo haga; mientras tanto, estoy absolutamente en desacuerdo que se elimine ya sea por estética o por gusto: lo que señalo no es al azar, porque se puede esperar eternamente a que alguien se anime a editar de manera sistemática para anexarlas, pero quizás tal esfuerzo llegue jamás; en efecto, si en varios casos ni siquiera se coloca una mísera referencia, mucho menos para que algún compañero se aboque a tal tarea larguísima.
• En virtud de lo anterior, se entra en dos paradojas unidas, por lo que entiendo, por una justificación meramente estética o un presunto problema vinculado a la necesidad de adaptarla a la ficha genérica:
  • Se arguye que la ficha no debe ser larga en exceso, ¿pero según quién?; en algunas viejas discusiones en realidad el asunto se abocaba a la anexión de información irrelevante, pero no veo por dónde en este caso se caería en tal problema, y Esteban fue relativamente detallado en explicar los porqués.
  • Por otro lado, se reitera que sólo debe contener un resumen de la información, ¿de cuál se habla, de la que no existe en un número significativo de los artículos enlazados a la plantilla?; porque si alguien menciona que en realidad debiera resumir la información expuesta al lazo izquierdo, pues que comience de lleno a borrar cientos de fichas que no resumen nada, sino más a bien, a salvar simples esbozos.
• Entiendo que la ficha pueda ser muy difícil para el lector no experto, pero aquello no es justificación para retirar información; en particular, me imagino que para el lector no experto debe ser complejo leer otros artículos adscritos a otras ciencias o disciplinas, pero ello no quiere decir que se vaya a retirar información también porque simplemente para lectores no expertos sea de difícil comprensión. Wikipedia tiene distintos públicos.
• Con respecto a los identificadores, es totalmente relativo si se incumple o no con Wikipedia:Enlaces externos, porque claramente el texto sometido a votación no es prohibitivo y permite incluir «páginas con gran cantidad de material neutral y relevante aún no contenido en el artículo».
• Se señala que en Wikipedia en español todas las fichas deben basarse en la ficha genérica, ¿sin excepciones?; pues parece que éstas abundan y son utilizadas por usuarios de todo tipo, por lo que no hay una sola opinión al respecto. Sin embargo, me gustaría ver la votación para esta modificación. En cuanto a los parámetros, que estén o no en español es cosa de gustos, porque claramente las fichas si se pueden simplemente copiar y pegar bajo las licencias CC BY-SA 3.0 y GFDL; obviamente se deben adaptar, pero también se debe facilitar el trabajo colaborativo entre proyectos (y por eso existen los campos en inglés, español u otro idioma; ejemplo burdo: {{{nombre|{{{Name|{{PAGENAME}} }}}}}}); ¿acaso no nos ahorramos una enormidad de tiempo escaso en varios casos?. Estoy muy en desacuerdo con eliminar los campos en inglés porque andar traduciendo campo por campo es engorroso y quita tiempo, pueden complementarse simplemente agregando |{{{}} y fin del asunto; pensemos en los editores y traductores, que el lector no ve el código.
• Por cierto, el uso de alguna {{lista desplegable}} pasa a ser una buena solución si alguien cree que la ficha es muy larga, y actualmente cumple perfectamente la función de acortarla.

Saludos cordiales. —Jmvgpartner (discusión) 21:15 19 ene 2015 (UTC)

Coincido en casi todo con Jmvgpartner (disc. · contr. · bloq.), y he tratado de respetar lo más posible el trabajo que él ha hecho adaptando la ficha en inglés (incluyendo varias plantillas accesorias que son terriblemente complicadas, y que para ser sinceros no entiendo totalmente), nombres de variables en inglés, y castellano para permitir adaptar rápidamente las fichas de los artículos traducidos y demás.

Como sea, al parecer la decisión está tomada, y ya el trabajo con la maqueta ha pasado a ser funcional, al menos en parte y ya se puede ver en Plantilla:Ficha de proteína/casos de prueba.

Se aceptan sugerencias, aunque de momento, y hasta completar el trabajo, preferiría trabajar yo solo con el código; una vez que lo tenga listo y funcionando ya van a poderle meter mano bajo el capó. Saludos. Esteban ♒ じゅうさん土さん の 告白 ! :) 02:33 20 ene 2015 (UTC)

¿Quién tomó la decisión?; sería ideal que también transcribas el consenso para leerlo. Saludos cordiales. —Jmvgpartner (discusión) 02:43 20 ene 2015 (UTC)

@J3D3: Cuál es el estado actual? Se puede trasladar ya para que sustituya a la actual o sigue en período de pruebas? Y respecto al apartado técnico, cómo de complejo consideras que sería para esta plantilla utilizar información alojada en Wikidata? -- Agabi10 (discusión) 22:05 3 nov 2015 (UTC)

@Agabi10: Hola Agabi! mira la plantilla es totalmente funcional para los usos más generales, y si tiene errores, no los he descubierto en los casos de prueba que he considerado. Aunque no descarto que aparezcan errores con la plantilla en funcionamiento (como ya habíamos comentado antes, es una plantilla realmente extensa), creo que para la mayor parte de los casos podría funcionar sin problemas. En cuanto a la adaptación para funcionar con datos de wikidata, no te sabría decir porque ignoro como es el proceso. Tendría que ponerme a leer bastante antes de arriesgar una conclusión, aunque si conoces a alguien que ya tenga experiencia en esos menesteres, puedo ofrecerte mi ayuda para adaptar lo que haga falta. Si te puedo decir que la ficha es completamente una adaptación de la ficha genérica (por lo que no debería presentar problemas, según tengo entendido), y si te puedo decir que reúne muchos datos, por lo que probablemente lleve tiempo enlazar todos los campos. Como sea, estoy aquí a disposición para lo que haga falta. Esteban ♒ じゅうさん土さん の 告白 ! :) 00:58 4 nov 2015 (UTC)

@J3D3: El proceso de adaptar la ficha a Wikidata es en general bastante sencillo, basta con utilizar la plantilla propiedad. Mi problema principal al respecto reside en que no tengo ni idea de biología. Para ponerte un ejemplo que yo sea capaz de entender tenemos el parámetro Hs_Uniprot que en Prolactina tiene un valor de P01236. Ese valor también está almacenado en Wikidata, con la propiedad UniProtID (P352).

Los cambios que hay que hacer para poder cargar esa propiedad de forma local son los siguientes:

|UniProt={{{UniProt|{{{Hs_UniProt}}} }}} habría que colocarlo así: |UniProt={{Propiedad|P352|{{{UniProt|{{{Hs_UniProt|}}} }}} }}

De esta forma cogería el valor local en el caso de que exista y el valor de Wikidata en caso contrario.

Si se quiere usar para fórmulas o para enlazar a imágenes o casos similares se debe añadir el parámetro categorías=no en la plantilla propiedad, de forma que se evite la categorización automática de la plantilla. Y si se quiere que los datos se carguen cada uno en una línea bastaría con poner el parámetro 3=<br />.

En el caso de los ifs el comportamiento es parecido, pero no exactamente igual. En el caso de |seccion1 = {{#if: {{{Homologene|}}}{{{Hs_Uniprot|}}}{{{UniProt|}}}{{{EC_number|}}}{{{ECnumber|}}} | Estructuras disponibles}} sólo habría que añadir la comprobación a la propiedad con #property de forma que el resultado fuese |seccion1 = {{#if: {{{Homologene|}}}{{{Hs_Uniprot|}}}{{#property:P352}}{{{UniProt|}}}{{{EC_number|}}}{{{ECnumber|}}} | Estructuras disponibles}}

Creo que con esto ya se cubre lo más básico, aunque igual a ti te resulta tan complejo como a mi la biología. En cualquier caso siempre existe como alternativa mirar que propiedades tienen introducidas algunos elementos que usen esta plantilla (que tendrías que ocuparte tú de seleccionar algunos que puedan disponer de parámetros diferentes para mirarlos más detenidamente). Después habría que emparejar las distintas propiedades con parámetros de la ficha (al menos cuando fuese posible) y teniendo los pares de parámetro de la ficha + propiedad de Wikidata ya podríamos ocuparnos ya sea yo o algún voluntario de la sección técnica del café de añadir las propiedades a la ficha. -- Agabi10 (discusión) 01:41 4 nov 2015 (UTC)

@Agabi10: Hola de nuevo :). Perdón por mi ignorancia pero no termino de comprender como enlaza cada campo de la ficha con cada propiedad de Wikidata.

En concreto: ¿Cómo sabe la ficha con que propiedad de Wikidata tiene que enlazar? ¿Se tiene que introducir cada propiedad en cada campo para cada proteína? ¿O en la ficha sólo se introduce la dirección de Wikidata correspondiente a cada proteína? Por ejemplo de tu enlace yo se que la entrada correspondiente a "Prolactina" en Wikidata es la Q192191. ¿La propiedad P352 es relativa a la entrada Q192191? o sea si yo introdujera por ejemplo la entrada Q412474 (Aspartato aminotransferasa) ¿la propiedad P352 de Q412474 sería el identificador de UniProt correspondiente a la aspartato aminotransferasa? o sea ¿Wikidata me debería entregar el enlace a |P17174 de Human Uniprot?

¿En caso de que el dato no exista en Wikidata, y no se introdujera un valor local qué valor entregaría la ficha?

¿Qué propiedades comprende cada entrada de Wikidata?, ¿no sería más fácil pensarlo al revés? Si me comentas más o menos que propiedades permite Wikidata, te puedo decir con que campos de la ficha enlazaría cada una, incluso te podría decir si es necesario agregar más campos. Y después de ver un par de ejemplos aplicados, seguro que podría ayudarte con el resto. Esteban ♒ じゅうさん土さん の 告白 ! :) 15:46 7 nov 2015 (UTC)

@J3D3: En sí carga los datos del elemento al que está conectada la página y en el caso en el que no haya especificado ningún valor en Wikidata ni tampoco de forma local el resultado sería el mismo que el mostrado de forma local actualmente. De todas formas he estado mirando un poco a ver cómo de complejo sería añadir las propiedades de Wikidata y a ver cuales podríamos conectar con esta ficha y la verdad que apenas he encontrado información específica sobre proteínas en Wikidata y los elementos de proteínas que he comprobado tienen muy poca información que coincida con la que se muestra en la ficha. En general las propiedades que he encontrado en estos elementos son "identificador BNCF", "UniProt ID", "identificador NDL", "hallado en el taxón", "función molecular", "PDB ID", "componente celular", "proceso biológico", "identificador de proteína Ensembl" y "codificado por". Puede que haya más, pero ahora mismo no sabría decirte ninguna más. De todas formas viendo la complejidad de nuestras fichas y la escasez de información al respecto he llegado a la conclusión de que es posible que sea demasiado pronto para importar la información requerida por esta ficha desde Wikidata. Por lo cual, y si no estás en desacuerdo, propongo comenzar a usar la plantilla tal cual está ahora y dejar la obtención de datos desde Wikidata para un futuro en el que o ya hayan añadido más información relacionada en Wikidata o hayamos terminado de trasladar la información de otras fichas más sencillas. -- Agabi10 (discusión) 18:45 7 nov 2015 (UTC)

@Agabi10:, bueno, la plantilla ya está lista para ser usada, le hice una corrección mínima para que se parezca lo más posible a la actual versión, y bueno, los posibles errores que queden (que no deberían ser muchos), los iremos corrigiendo a medida que se vayan presentando. Por lo demás, estoy de acuerdo en "pasar a actividad" la versión que está en prueba, y estaría bueno, guardar una copia de la versión actual en una subpágina de prueba, por cualquier otra cosa que pudiera surgir (más que nada algún error que se me haya deslizado con los condicionales y eso, de forma que pueda recuperar rápidamente el comportamiento que tiene la actual ficha).

En lo particular, es un trabajo bastante extenso el que quea en Wikidata, me voy a informar un poco más sobre como funciona, y en última instancia, me sumaré a contribuir también a aquel proyecto. Un gran abrazo. Esteban ♒ じゅうさん土さん の 告白 ! :) 02:05 10 nov 2015 (UTC)