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La pandemia de COVID-19 en Cuzco originada por la especie SARS-CoV-2, cuya propagación se produjo principalmente en la capital de la región, Cuzco, inició el 13 de marzo de 2020. Hasta el cierre del 2021, se registraron más de 77 mil casos, con un saldo total de 4 mil 832 personas fallecidas, entre quienes se detectaron distintas cepas del virus.
La primera ola de 2020 estuvo marcada por la respuesta inicial de contención en el Gobierno de Martín Vizcarra, mandatario del país quien implementó una serie de medidas restrictivas que incluían el estado de emergencia y la cuarentena a nivel nacional por un período de tres meses y catorce días. Más adelante, el Ejecutivo promulgó una ley que establecía la cuarentena restringida a regiones que cuenten con una alta incidencia en los casos y muertos, dando paso a la reactivación económica en ciertos sectores del país. A finales del año, Vizcarra fue vacado durante la crisis política de dicho año, y terminó su mandato con una notable reducción en los indicadores estadísticos, a la par de la flexibilización de las restricciones en los últimos tres meses del 2020.
A inicios de 2021, el Gobierno de Francisco Sagasti reconoció un segundo aumento en las infecciones, atribuido a la transmisión de múltiples variantes del SARS-CoV-2 que circulaban en el país. Desde entonces se empleó una nueva estrategia de cuarentena focalizada de acuerdo a una escala de niveles de riesgo, simultáneamente con la difusión informativa del escándalo Vacunagate y el inicio de la campaña nacional de vacunación contra la COVID-19, que fue relevado por el electo Gobierno de Pedro Castillo mientras el país atravesaba su punto más bajo desde el inicio de la segunda ola.
Concluyendo el año se registró un nuevo aumento en las infecciones a nivel global tras la propagación de la variante ómicron en la mayoría de países. La Organización Mundial de la Salud (OMS) la clasificó como una «variante de preocupación» y los estudios preliminares sugieren que es tan contagiosa como el sarampión, aunque no tan letal como el impacto que generó delta en ciertas naciones. Ómicron alcanzó al Perú el 19 de diciembre y desde entonces los casos aumentaron a nivel nacional marcando el inicio de la tercera ola en el país, declarada formalmente como tal el 4 de enero de 2022. A partir de ese momento el Gobierno empezó a administrar la dosis de refuerzo de la vacuna contra la COVID-19 entre los adultos elegibles en un intento por evitar saturar el sistema hospitalario y reducir la posibilidad de muerte a causa de la enfermedad.