En 1997 fue vicepresidente del gobierno de [[Hugo Banzer]] a los 37 años de edad, siendo el más joven en ese cargo en la historia de Bolivia. DuranteEn su mandato se desarrolló una amarga división dentro del [[Acción Democrática Nacionalista|ADN]] (Acción Democrática Nacionalista) entre Banzer y Quiroga. La facciónagosto de Banzer,2001 conocida como los "dinosaurios", estaba compuesta porasumió la viejapresidencia guardiade delBolivia partido y tenía menos inclinaciones ideológicas, y estaba principalmente preocupada por mantener el poder y preservartras la reputación históricarenuncia de Banzer.Enpor contraste, la facciónrazones de losenfermedad "pitufos"(cáncer de Quiroga estaba formada por tecnócratas de línea dura del libre mercadopulmón) y estabacompletó muchola másgestión dispuestapresidencial ade usarcinco laaños fuerzahasta contraagosto losde manifestantes que los "dinosaurios".<ref>https://sas-space.sas.ac.uk/3405/1/B38_-_Crisis_in_Bolivia_The_Elections_of_2002_and_their_Aftermath2002.pdf</ref>
En agosto de 2001 asumió la presidencia de Bolivia tras la renuncia de Banzer por razones de enfermedad (cáncer de pulmón) y completó la gestión presidencial de cinco años hasta agosto de 2002.
Antes de las elecciones municipales del 2004 renunció a la jefatura adenista, y con la personería de la agrupación Alianza {{Siglo|XXI||s}} logró pactos con más de 40 agrupaciones. Para la competencia electoral que se realizaría en diciembre de 2005, con su sigla PODEMOS ([[Poder Democrático y Social]]).
